347 ಸ್ಟೇನ್‌ಲೆಸ್ ಸ್ಟೀಲ್ ಸುರುಳಿಯಾಕಾರದ ಕೊಳವೆಗಳ ರಾಸಾಯನಿಕ ಘಟಕ, ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ (CLMS) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕಾದಂಬರಿ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಮಾನವ ಲ್ಯುಕೋಸೈಟ್ ಪ್ರತಿಜನಕ-A (HLA-A) ಚಾಪೆರೋನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ

Nature.com ಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿದ್ದಕ್ಕಾಗಿ ಧನ್ಯವಾದಗಳು.ನೀವು ಸೀಮಿತ CSS ಬೆಂಬಲದೊಂದಿಗೆ ಬ್ರೌಸರ್ ಆವೃತ್ತಿಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತಿರುವಿರಿ.ಉತ್ತಮ ಅನುಭವಕ್ಕಾಗಿ, ನೀವು ನವೀಕರಿಸಿದ ಬ್ರೌಸರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ (ಅಥವಾ ಇಂಟರ್ನೆಟ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ಲೋರರ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ ಮೋಡ್ ಅನ್ನು ನಿಷ್ಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಿ).ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ನಡೆಯುತ್ತಿರುವ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು, ನಾವು ಶೈಲಿಗಳು ಮತ್ತು JavaScript ಇಲ್ಲದೆ ಸೈಟ್ ಅನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತೇವೆ.
ಪ್ರತಿ ಸ್ಲೈಡ್‌ಗೆ ಮೂರು ಲೇಖನಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುವ ಸ್ಲೈಡರ್‌ಗಳು.ಸ್ಲೈಡ್‌ಗಳ ಮೂಲಕ ಚಲಿಸಲು ಹಿಂದಿನ ಮತ್ತು ಮುಂದಿನ ಬಟನ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ಅಥವಾ ಪ್ರತಿ ಸ್ಲೈಡ್ ಮೂಲಕ ಚಲಿಸಲು ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ ಸ್ಲೈಡ್ ನಿಯಂತ್ರಕ ಬಟನ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ.

ಉತ್ಪನ್ನ ವಿವರಣೆ

ಸ್ಟೇನ್‌ಲೆಸ್ ಸ್ಟೀಲ್ 347L ಕಾಯಿಲ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳು, ಸ್ಟೀಲ್ ಗ್ರೇಡ್: SS347L

ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ಪರಿಸರದಿಂದ ವ್ಯಾಪಕ ಶ್ರೇಣಿಯ ರೋಗಕಾರಕ ಮತ್ತು ಆಂತರಿಕ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಸಂಕೇತಗಳಿಗೆ ಬಲವಾದ ಸೈಟೊಕಿನ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಉಪವಿಭಾಗಗಳ ಪ್ರಚೋದನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ.ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರೇರಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಡೊಮೇನ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೊಸ ಪ್ರೊಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ನಾವು DSS-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ (CLMS) ಅನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಿದ್ದೇವೆ.ನಿರೀಕ್ಷಿತ ಇಂಟರ್‌ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಜೊತೆಗೆ, MX1, USP18, OAS3 ಮತ್ತು STAT1 ನಂತಹ ಕ್ಯಾನೊನಿಕಲ್ ಇಂಟರ್‌ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಕಾದಂಬರಿ ಇಂಟರ್‌ಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಮತ್ತು ಇಂಟ್ರಾಮಾಲ್ಯುಲರ್ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಅಡಕ್ಟ್‌ಗಳನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಗುರುತಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಕೋ-ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು HLA-A ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳಿಂದ (H2BFS-HLA-A-HMGA1) ರಚಿಸಲಾದ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗಳ ಕಾದಂಬರಿ ಸೆಟ್‌ನ ಆರ್ಥೋಗೋನಲ್ ಮೌಲ್ಯೀಕರಣದ ಮೇಲೆ ನಾವು ಗಮನಹರಿಸಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅವರ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ.ಪ್ರೊಟೀನ್ ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್‌ನ ಕನ್ಫರ್ಮೇಶನಲ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್‌ನ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ CLMS ಸಂಶೋಧನೆಗಳಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುವ ಹಲವಾರು ಸಂವಹನ ತಾಣಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು.ಒಟ್ಟಾಗಿ, ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್‌ನಿಂದ ಪ್ರೇರಿತವಾದ ಹೊಸ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಾವು CLMS ನ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸುತ್ತೇವೆ ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳ ಹೊಸ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು CLMS ನ ವ್ಯಾಪಕ ಬಳಕೆಯನ್ನು ಎದುರುನೋಡುತ್ತೇವೆ.
ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುವ ಮೊದಲು, ಆತಿಥೇಯರ ಸಹಜ ರಕ್ಷಣಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್‌ಗಳು (IFN ಗಳು) ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಸ್ರವಿಸುವ ಆಲ್ಫಾ-ಹೆಲಿಕಲ್ ಸೈಟೋಕಿನ್‌ಗಳ ಕುಟುಂಬದಿಂದ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುವ ಆಂಟಿಮೈಕ್ರೊಬಿಯಲ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಆರೋಹಿಸುತ್ತದೆ.I IFN ವರ್ಗಗಳ ಪ್ರಕಾರ IFNα ಮತ್ತು IFNβ ಆಂಟಿವೈರಲ್, ಪ್ರೋಪೊಪ್ಟೋಟಿಕ್, ಪ್ರೊಇನ್‌ಫ್ಲಮೇಟರಿ ಮತ್ತು ಆಂಟಿಪ್ರೊಲಿಫೆರೇಟಿವ್ ಸ್ಟೇಟ್ಸ್ ಸೇರಿದಂತೆ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.ಮಾನವರಲ್ಲಿ, IFNα ಯ 13 ಉಪವಿಧಗಳು ತಿಳಿದಿವೆ, ಎಲ್ಲಾ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ 91 ನಲ್ಲಿ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಆಶ್ಚರ್ಯಕರವಾಗಿ, ವೈದ್ಯಕೀಯ ಬಳಕೆಗಾಗಿ IFNα2 ಅನ್ನು ಮಾತ್ರ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ಇತ್ತೀಚೆಗೆ, IFNα ನ ಇತರ ಉಪವಿಧಗಳ ಸಂಶೋಧನೆಗೆ ವಿಶೇಷ ಗಮನವನ್ನು ನೀಡಲಾಗಿದೆ.ಅಂಗೀಕೃತ IFNα2 ಉಪವಿಧಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ HBV2 ಮತ್ತು HIV-13,4 ಪ್ರತಿಕೃತಿಯನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿಸುವಲ್ಲಿ IFNα14 ಅತ್ಯಂತ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ ಎಂದು ಇತ್ತೀಚಿನ ಅಧ್ಯಯನವು ತೋರಿಸಿದೆ.
ಸಕ್ರಿಯ ಟೈಪ್ I ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ರಿಸೆಪ್ಟರ್ ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್‌ಗಳು (IFNAR1 ಮತ್ತು IFNAR2) ಜಾನಸ್ ಕೈನೇಸ್‌ಗಳು TYK2 ಮತ್ತು JAK15,6 ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಸಿಗ್ನಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಡಕ್ಷನ್ ಕ್ಯಾಸ್ಕೇಡ್ ಅನ್ನು ಪ್ರಚೋದಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ.ಈ ಜಾನಸ್ ಕೈನೇಸ್‌ಗಳು ಫಾಸ್ಫೊರಿಲೇಟ್ ಸಿಗ್ನಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಡ್ಯೂಸರ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಆಕ್ಟಿವೇಟರ್‌ಗಳನ್ನು (STAT1 ಮತ್ತು STAT2) ಟೈರೋಸಿನ್ ಅವಶೇಷಗಳ ಮೇಲೆ SH2 ಡೊಮೇನ್-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ಹೆಟೆರೊಡೈಮರೈಸೇಶನ್ ಅನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸುತ್ತದೆ.ತರುವಾಯ, IRF9 STAT ಹೆಟೆರೊಡೈಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ IFN-ಉತ್ತೇಜಿತ ಅಂಶ 3 ಜೀನ್ (ISGF3) ನ ಟ್ರೈಮರಿಕ್ ಸಂಕೀರ್ಣವನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್‌ಗೆ ಸ್ಥಳಾಂತರಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 2000 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಿತ ಜೀನ್‌ಗಳ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ (ISGs,8,5.
ISG ಗಳು ಸಹಜ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ಬೆನ್ನೆಲುಬನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ವೈರಲ್ ದಾಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ.ವೈರಲ್ ಸೋಂಕಿನ ವಿರುದ್ಧ ರಕ್ಷಣೆಯ ಮೊದಲ ಸಾಲಿನಂತೆ, ಜೀವಕೋಶಗಳು ವ್ಯಾಪಕ ಶ್ರೇಣಿಯ ಜೈವಿಕ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ನಿಯೋಜಿಸುತ್ತವೆ.ಈ ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳು ಪ್ಯಾಟರ್ನ್ ರೆಕಗ್ನಿಷನ್ ರಿಸೆಪ್ಟರ್‌ಗಳು, ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಅಣುಗಳು, ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ನೇರ ಆಂಟಿವೈರಲ್ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳ ಋಣಾತ್ಮಕ ನಿಯಂತ್ರಕಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿವೆ.ISG ಚಟುವಟಿಕೆಯಲ್ಲಿನ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯು ಅತಿಯಾದ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಶನ್ ಸ್ಕ್ರೀನ್‌ಗಳು 10,11 ಅಥವಾ ಜೀನ್ ಸೈಲೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು (siRNA, RNAi ಮತ್ತು CRISPR) 12,13 ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪರದೆಗಳಿಂದ ಬರುತ್ತದೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ISG ಗಳನ್ನು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಅಥವಾ ಪ್ರತಿಬಂಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ವಿವಿಧ ವೈರಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪ್ರತ್ಯೇಕ ISG ಗಳ ಆಂಟಿವೈರಲ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಿದ್ದರೂ, ಪ್ರತಿ ISG ಯ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಆಣ್ವಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ತಿಳಿದಿಲ್ಲ.ಪೂರ್ಣ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಅನೇಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಒಂದು ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸೈಟೊಕಿನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಒಪ್ಪಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ISG ಗಳು ನೇರವಾಗಿ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತವೆ ಅಥವಾ ಅವುಗಳ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಿಂದ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುತ್ತವೆ.ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ಇತ್ತೀಚಿನ ಫೋಟೋಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪ್ರೋಟಿಯೊಮಿಕ್ಸ್ ಅಧ್ಯಯನವು ATPase VCP/p97 ಅನ್ನು ಪ್ರಮುಖ IFITM3 ಸಂವಾದ ಪಾಲುದಾರ ಎಂದು ಗುರುತಿಸಿದೆ, ಅದರ ಪ್ರತಿಬಂಧವು ಲೈಸೋಸೋಮಲ್ ವಿಂಗಡಣೆ, ವಹಿವಾಟು ಮತ್ತು IFITM3 ನ ವೈರಲ್ ಕಣಗಳೊಂದಿಗೆ ಕೊಟ್ರಾನ್ಸ್ಪೋರ್ಟ್ ದೋಷಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ 14 .ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ನಾವು VAPA, ವೆಸಿಕಲ್-ಸಂಯೋಜಿತ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನ್ನು IFITM1/2/3 ನೊಂದಿಗೆ ಸಂವಾದ ಪಾಲುದಾರ ಎಂದು ಗುರುತಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಅದು ಕೊಲೆಸ್ಟ್ರಾಲ್-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ವೈರಲ್ ಪಕ್ವತೆಯನ್ನು ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಯೀಸ್ಟ್ ಟು-ಹೈಬ್ರಿಡ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮತ್ತೊಂದು ಅಧ್ಯಯನದಿಂದ ಇದನ್ನು ದೃಢಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ.ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಬೆಂಬಲ 15, 16.
ಸೋಂಕು ಮತ್ತು ಮಾರಣಾಂತಿಕ ರೂಪಾಂತರದ ನಿಗ್ರಹದಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಒಂದು ಮೂಲಭೂತ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯು ಪ್ರತಿಜನಕ ಪ್ರಸ್ತುತಿಯಾಗಿದೆ, ಇದು ಪ್ರಮುಖ ಹಿಸ್ಟೋಕಾಂಪ್ಯಾಬಿಲಿಟಿ ಸಂಕೀರ್ಣ (MHC) ಅಣುಗಳಿಂದ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುತ್ತದೆ.ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳು (8-12 ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳು ಉದ್ದ) ಸೀಳಿದ, ಅಕಾಲಿಕವಾಗಿ ಕೊನೆಗೊಂಡ ಅಥವಾ ತಪ್ಪಾಗಿ ಮಡಿಸಿದ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳನ್ನು MHC-I ಹೆಟೆರೊಡೈಮರ್‌ಗೆ ಲೋಡ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ (MHC-I ಹೆವಿ ಮತ್ತು ಲೈಟ್ ಚೈನ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು β-2-ಮೈಕ್ರೊಗ್ಲೋಬ್ಯುಲಿನ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ; β2M) 17,18 .ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಸ್ಥಿರವಾದ MHC-I ಟ್ರಿಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಜೀವಕೋಶದ ಮೇಲ್ಮೈಗೆ ಸಾಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಅವು ಅಂತರ್ಜೀವಕೋಶದ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು CD8+ T ಜೀವಕೋಶಗಳಿಗೆ (ಸೈಟೊಟಾಕ್ಸಿಕ್ T ಜೀವಕೋಶಗಳು) ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸುತ್ತವೆ.ಟಿ ಜೀವಕೋಶಗಳು ಈ ರೋಗಕಾರಕಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರತಿಜನಕವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಜೀವಕೋಶಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿ ನಾಶಪಡಿಸುತ್ತವೆ.ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ, ರೋಗಕಾರಕಗಳು ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಕೋಶಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಕಣ್ಗಾವಲು ತಪ್ಪಿಸಲು ಪ್ರತಿಜನಕ ಪ್ರಸ್ತುತಿ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ನಿಗ್ರಹಿಸುತ್ತವೆ.ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, MHC-I ಅನ್ನು 40-90% ಮಾನವ ಗೆಡ್ಡೆಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆಗೊಳಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಳಪೆ ಮುನ್ನರಿವಿನೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ.
ರೋಗಕಾರಕಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುವ ಜೀನ್‌ಗಳು ವಿಶ್ರಾಂತಿ ಸ್ಥಿತಿ ಮತ್ತು ಸಕ್ರಿಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಸ್ಥಿತಿಯ ನಡುವೆ ತ್ವರಿತವಾಗಿ ಬದಲಾಗಬೇಕು.ಆದ್ದರಿಂದ, ಪ್ರವರ್ತಕ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ 20,21 ನ ಮರುರೂಪಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಮಾರ್ಪಾಡು ಸೇರಿದಂತೆ, ಕಡಿಮೆ ಅವಧಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ IFN ಬೇಡಿಕೆಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಹಲವಾರು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿವೆ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ.ಹೆಚ್ಚಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು IFN ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ವೈಯಕ್ತಿಕ ISG ಪ್ರೊಟೀನ್ ಪಾಲುದಾರರನ್ನು ಗುರುತಿಸುವುದರ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದೆ.ಮಾದರಿ ಕೋಶ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿನ ಹಲವಾರು ಪ್ರೋಟಿಯೋಮಿಕ್ ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಲ್ಯಾಂಡ್‌ಸ್ಕೇಪ್‌ನಲ್ಲಿ IFN ನ ಪರಿಣಾಮವನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟಪಡಿಸಿವೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್‌ಗಳಿಂದ ಪ್ರೇರಿತವಾದ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್‌ನ ಬೆಳೆಯುತ್ತಿರುವ ತಿಳುವಳಿಕೆಯ ಹೊರತಾಗಿಯೂ, ISG ಗಳ ಒಳಗೊಳ್ಳುವಿಕೆಯ ಬಗ್ಗೆ ನಮಗೆ ಇನ್ನೂ ಸ್ವಲ್ಪ ತಿಳಿದಿದೆ.ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್‌ನ ಸಂಕೀರ್ಣತೆ ಮತ್ತು ಸಮಯ-ಅವಲಂಬಿತ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸುವಾಗ, ಎರಡು ಪ್ರಶ್ನೆಗಳು ಉದ್ಭವಿಸುತ್ತವೆ: (i) ವೇಗದ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಮಲ್ಟಿಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ಸ್ಥಿರಗೊಳಿಸಲು ಮತ್ತು ಬಲೆಗೆ ಬೀಳಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವೇ, ಮತ್ತು (ii) ಈ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು 3D ಸ್ಪೇಸ್‌ಗೆ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಬಹುದೇ?
ಈ ಸಮಸ್ಯೆಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು, IFNα-ಪ್ರೇರಿತ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಇಂಟರ್ಯಾಕ್ಷನ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್ ಮತ್ತು ಅದರ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ನಾವು ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ (CLMS) ಜೊತೆಗೆ ಡಿಸ್ಸಿನಿಮೈಡ್ ಸಬ್‌ರೇಟ್-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ರಾಸಾಯನಿಕ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ (DSS) ಅನ್ನು ಅಳವಡಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಡಿಎಸ್ಎಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ವಿವೋದಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ಪ್ರಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಶೇಷಗಳ ನಡುವೆ ಕೋವೆಲನ್ಸಿಯ ಬಂಧಗಳನ್ನು ಸೇರಿಸುತ್ತದೆ.ನಂತರದ MS ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನೊಳಗಿನ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಾಮೀಪ್ಯವನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುವ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಆಂತರಿಕ ಸಂಪರ್ಕಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಲ್ಲಿನ ಉಪಘಟಕಗಳನ್ನು ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧಗಳು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.ಈ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ನಾವು ಹಲವಾರು ಕಾದಂಬರಿ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳು ಮತ್ತು ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರೇರಿತ ಮಲ್ಟಿಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನ ಜಾಲಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಈ ಹೊಸ ಸಂವಾದಗಳ ಉಪವಿಭಾಗವನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಪರೀಕ್ಷಿಸುವ ಮೂಲಕ, H2BFS (H2B ಹಿಸ್ಟೋನ್-ಟೈಪ್ FS; ಇನ್ನು ಮುಂದೆ H2B ಎಂದು ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ) ಮತ್ತು MDN1 HLA-A ಗಾಗಿ ಬಂಧಿಸುವ ಪಾಲುದಾರರಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಾವು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತೇವೆ.
ಫ್ಲೋ-1 ಜೀವಕೋಶಗಳು ಅನ್ನನಾಳದ ಅಡೆನೊಕಾರ್ಸಿನೋಮದ ವಿಟ್ರೊ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಅತ್ಯಂತ ಪ್ರಸಿದ್ಧವಾಗಿವೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಅವು ಅನ್ನನಾಳದ ಗೆಡ್ಡೆಗಳ ಪ್ರಮುಖ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಅನುಕರಿಸುತ್ತವೆ 22,23.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಎಲ್ಲಾ ಗೆಡ್ಡೆಗಳು ಇಮ್ಯುನೊಜೆನಿಕ್ ಆಗಿರುವುದಿಲ್ಲ, ಮತ್ತು Flo-1 ಜೀವಕೋಶಗಳು ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸುತ್ತವೆಯೇ ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲು, ನಾವು Flo-1 ಕೋಶಗಳನ್ನು 10 ng/ml IFNα ನೊಂದಿಗೆ 72 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಿದ್ದೇವೆ.ಫ್ಲೋ-1 ಕೋಶಗಳು pSTAT1 ಮತ್ತು IRF1 ನ ಆರಂಭಿಕ ಪ್ರಚೋದನೆಯನ್ನು ತೋರಿಸಿದವು, ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ 2 ಗಂಟೆಗಳ ನಂತರ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 72 ಗಂಟೆಗಳವರೆಗೆ ಮುಂದುವರಿಯುತ್ತದೆ, IRF1 ನ ಸ್ಥಾಯಿ ಮಟ್ಟಗಳಲ್ಲಿ ಸಮಯ-ಅವಲಂಬಿತ ಇಳಿಕೆ (ಚಿತ್ರ 1A).ISG ಗಳು (MX1, IFITM1, OAS1/2, ಮತ್ತು ISG15) 6 ಗಂಟೆಗಳ ನಂತರ ಬಲವಾಗಿ ಪ್ರೇರೇಪಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, IFNα (ಚಿತ್ರ 1A) ಗೆ ಕ್ಲಾಸಿಕ್ ಮಧ್ಯ ಮತ್ತು ಕೊನೆಯ ಹಂತದ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಅನುಕರಿಸುತ್ತದೆ.ಒಟ್ಟಾರೆಯಾಗಿ, ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಈ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು ಎಂದು ಈ ಡೇಟಾ ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.
IFNα ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ Flo-1 ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು.(A) 2, 6, 24, 48 ಮತ್ತು 72 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ 10 ng/ml IFNα ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಲಾದ Flo-1 ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿನ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯು ಸೂಚಿಸಲಾದ ISG ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಇಮ್ಯುನೊಬ್ಲಾಟ್‌ನಿಂದ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ.(B) ಸೂಚಿಸಿದ ಸಮಯಗಳು ಮತ್ತು ಸಾಂದ್ರತೆಗಳಿಗಾಗಿ DSS ನೊಂದಿಗೆ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಮಾಡಿದ ನಂತರ ಸಂಪೂರ್ಣ ಕೋಶದ ಸಾರಗಳ ಕೂಮಾಸ್ಸಿ ನೀಲಿ ಬಣ್ಣದ SDS-PAGE ಜೆಲ್ಗಳು.(C) ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಮಟ್ಟವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ಅದೇ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ p53 (DO-1) ಪ್ರತಿಕಾಯದೊಂದಿಗೆ ಪ್ರತಿನಿಧಿ ಇಮ್ಯುನೊಬ್ಲಾಟ್ ಅನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಇನ್ ಸಿತು ಪ್ರೊಟೀನ್ ಇಂಟರ್ಯಾಕ್ಷನ್ ಲ್ಯಾಂಡ್‌ಸ್ಕೇಪ್ ಅನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು, ನಾವು DSS ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ, ಅದರ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪೊರೆಯ ಪ್ರವೇಶಸಾಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಸಮಯದಿಂದಾಗಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಏಜೆಂಟ್.ಕಡಿಮೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಸಮಯವು ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ದೊಡ್ಡ ಸಮುಚ್ಚಯಗಳ ರಚನೆಯನ್ನು ತಡೆಯಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕರ್‌ನ ಸ್ಥಿರತೆಯನ್ನು ಕಾಪಾಡಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ.ಸೂಕ್ತ DSS ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಮತ್ತು ಅತಿಯಾಗಿ ಲಿಂಕ್ ಮಾಡುವುದನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಲು, ನಾವು ಮೊದಲು 5, 2.5, ಮತ್ತು 1 mM DSS ಗೆ ಕ್ರಮವಾಗಿ 5, 10, 5, ಮತ್ತು 30 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕೋಶಗಳನ್ನು ಒಡ್ಡಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು Coomassie-stained SDS-PAGE ಮೂಲಕ ಲೈಸೇಟ್‌ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿದ್ದೇವೆ. (ಡೇಟಾವನ್ನು ತೋರಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ) .ಸೆಲ್ ಲೈಸೇಟ್‌ಗಳು ಕಡಿಮೆ ಸಾಂದ್ರತೆಯಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಸಮಯದ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತವಾಗಿರುವಂತೆ ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ.ಆದ್ದರಿಂದ, DSS ಅನ್ನು 5 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ 1, 0.5 ಮತ್ತು 0.1 mM ಗೆ ಟೈಟ್ರೇಟ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 1B).5 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 0.5 mM DSS ನೊಂದಿಗೆ ಆಪ್ಟಿಮಲ್ ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಈ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು IFNα ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡುವ ಕೋಶಗಳಿಗೆ ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಪ್ರೊಟೀನ್ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಮಟ್ಟವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು p53 (DO-1) ಪ್ರತಿಕಾಯವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮಾಡಿದ ವೆಸ್ಟರ್ನ್ ಬ್ಲಾಟ್ ಅನ್ನು ಚಿತ್ರ 1C ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕರ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೊದಲು ಫ್ಲೋ-1 ಕೋಶಗಳನ್ನು 24 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ 10 ng/ml IFNα ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಲಾಯಿತು.ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಕೋಶಗಳನ್ನು ತರುವಾಯ ಎರಡು-ಹಂತದ ಪ್ರೋಟಿಯೋಲಿಸಿಸ್‌ನಿಂದ ಲೈಸ್ ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳನ್ನು FASP (Fig. 2)24,25 ಮೂಲಕ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಯಿತು.ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಟ್ರಿಪ್ಟಿಕ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿ (ಚಿತ್ರ 2) ಮೂಲಕ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ.MS/MS ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಾವನ್ನು ನಂತರ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು MaxQuant26,27 ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.SIM-XL ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪಡೆದ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಾದಿಂದ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು xQuest28 ಮತ್ತು SIM-XL29 ಓಪನ್ ಸೋರ್ಸ್ ಕಂಪ್ಯೂಟಿಂಗ್ ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ವೈಯಕ್ತಿಕ ಸಂಯುಕ್ತಗಳನ್ನು ಸಂಕೀರ್ಣ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ (Fig. 2).SIM-XL ಸರಳ ಅಥವಾ ಸಂಕೀರ್ಣ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಿಶ್ರಣಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳು, ಆಂತರಿಕ ಸರಪಳಿಗಳು ಮತ್ತು ವೈಯಕ್ತಿಕ ಸರಪಳಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳಲ್ಲಿ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲು ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಇದು MS/MS29 ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಮ್ ಗುಣಮಟ್ಟಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ಪ್ರತಿ ಕ್ರಾಸ್-ರೆಫರೆನ್ಸ್ ಅನ್ನು ID ಸ್ಕೋರ್ ಆಗಿ ಶ್ರೇಣೀಕರಿಸುತ್ತದೆ.ಹಲವಾರು ಹೆಚ್ಚು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಪ್ರೊಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳು ಮತ್ತು ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ (MD) ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ (Fig. 2) 30, 31 ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ಸಹ-ಪ್ರತಿರೋಧಕ ಮತ್ತು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೊಸ ಸಂವಾದಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.
CLMS ವಿಧಾನದ ಸ್ಕೀಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಅವಲೋಕನ.ಫ್ಲೋ-1 ಕೋಶಗಳನ್ನು 24 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ 10 ng/ml IFNα ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಲಾಯಿತು, ನಂತರ ಸೆಲ್ ಲೈಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಟ್ರಿಪ್ಸಿನೈಸೇಶನ್ ನಂತರ DSS ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಿತು ಪ್ರೊಟೀನ್ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕಿಂಗ್.ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಆರ್ಬಿಟ್ರ್ಯಾಪ್ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೀಟರ್ ಬಳಸಿ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು LC-MS/MS ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಪೂರ್ವಗಾಮಿಗಳ ವಿಘಟನೆಗಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ.ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ಸ್ (SIM-XL) ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಮ್ ರೆಕಗ್ನಿಷನ್ ಮೆಷಿನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪಡೆದ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಾದಿಂದ ಎರಡು ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಎಲ್ಲಾ ಸಂಯುಕ್ತಗಳನ್ನು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಂಕೀರ್ಣ ಜಾಲವಾಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸಲಾಗಿದೆ.ತಪ್ಪು ಧನಾತ್ಮಕ ದರ (FDR) ಸ್ಕೋರ್‌ಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಕಡಿಮೆ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿ.ಕೋ-ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹಲವಾರು ಹೊಸ ಉನ್ನತ-ನಿಷ್ಠೆಯ ಪ್ರೊಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ದೃಢೀಕರಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಲ್ಲಿನ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಆಣ್ವಿಕ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ (MD) ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಬಳಸಿ ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಯಿತು.
ಒಟ್ಟು ~ 30,500 ಮತ್ತು ~ 28,500 ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಪ್ರಚೋದಿತ ಮತ್ತು ಪ್ರಚೋದಿತ IFNα ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಮ್ಯಾಕ್ಸ್‌ಕ್ವಾಂಟ್ ಬಳಸಿ ಪತ್ತೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ (ಅನುಬಂಧ ಕೋಷ್ಟಕ S1, ಚಿತ್ರ 3A).ಎರಡೂ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಉದ್ದದ ವಿತರಣೆಯು ದೊಡ್ಡ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ತೋರಿಸಿದೆ, ಇದು ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ (Fig. 3B,C).ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ (Fig. 3C) 40-55 ಶ್ರೇಣಿಯಲ್ಲಿ ದೊಡ್ಡ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಮಾಣವು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.MX1, IFIT1/3, OAS2/3, DDX58, ಮತ್ತು HLA-F (ಚಿತ್ರ 3D) ಸೇರಿದಂತೆ ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಕ್ಲಾಸಿಕ್ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಹೇರಳವಾಗಿವೆ ಎಂದು log2 ತೀವ್ರತೆಯ ವಿರುದ್ಧ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ತೋರಿಸಿದೆ.ರಿಯಾಕ್ಟೋಮ್ ಪಾಥ್‌ವೇ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು IFNα ಚಿಕಿತ್ಸೆಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ಮೂರು ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಮಾರ್ಗಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು MHC-I-ಮಧ್ಯವರ್ತಿ ಪ್ರತಿಜನಕ ಪ್ರಸ್ತುತಿ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಣೆಯು ಅತ್ಯಂತ ಪ್ರಬಲವಾದ ಮಾರ್ಗವಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ (ಚಿತ್ರ 3E).ಹಿಂದಿನ ವರದಿಗಳಿಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ, OAS ಮತ್ತು ISG15 ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯಲ್ಲಿ ಆಂಟಿವೈರಲ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳು ಹಾಗೂ IFNα/β ಮತ್ತು ಸೈಟೊಕಿನ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಿದ ಮಾರ್ಗಗಳಲ್ಲಿ ಸೇರಿವೆ.ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, SIM-XL ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಮೂಲತಃ ಸ್ವಾಧೀನಪಡಿಸಿಕೊಂಡ MS/MS ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಾದಿಂದ ಲೈಸಿನ್- ಮತ್ತು ಸೆರೈನ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.ಇತ್ತೀಚಿನ ಅಧ್ಯಯನವು 104 ISG ಗಳು 9 ವೈರಸ್ ವರ್ಗಗಳಿಂದ 20 ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ವ್ಯಾಪಿಸಿದೆ ಎಂದು 5 ಸೆಲ್ ಪ್ರಕಾರಗಳಲ್ಲಿ ವೈಯಕ್ತಿಕ ISG ಅತಿಯಾದ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಶನ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳ ಮೆಟಾ-ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮೂಲಕ ವರದಿ ಮಾಡಿದೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ದೊಡ್ಡ ಡೇಟಾಸೆಟ್‌ಗಳ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್‌ನ ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ಜಯಿಸಲು, ಪಡಾರಿಯಾ ಮತ್ತು ಇತರರು ವರದಿ ಮಾಡಿದ ಐಆರ್‌ಡಿಎಸ್ ಜೀನ್‌ಗಳ ಪಟ್ಟಿಯ ನಡುವಿನ ಸಂಭವನೀಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಲು ನಾವು ಚಿಕ್ಕ ಡೇಟಾಸೆಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಅವುಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನವು ಐಎಸ್‌ಜಿಗಳಾಗಿವೆ.
IFNα ಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (ಮ್ಯಾಕ್ಸ್‌ಕ್ವಾಂಟ್‌ನಿಂದ ಪಡೆದ ಡೇಟಾ).(A) IFNα14 ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ Flo-1 ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಸಾಮಾನ್ಯ ಮತ್ತು ವಿಶೇಷವಾದ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ವೆನ್ ರೇಖಾಚಿತ್ರ.ಸಂಸ್ಕರಿಸದ (B) ಮತ್ತು IFNα ಚಿಕಿತ್ಸೆ (C) ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿಗಳ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಉದ್ದದ ವಿತರಣೆ.(D) ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಮತ್ತು IFNα14 ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ Flo-1 ಕೋಶಗಳ ನಡುವೆ log2 (LFQ ತೀವ್ರತೆ) ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ಶಾಖ ನಕ್ಷೆ.ಎಡ ಫಲಕವು IFNα ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಕ್ರಿಯವಾಗಿ ಸಕ್ರಿಯವಾಗಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.(ಇ) IFNα ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ನಂತರ 20 ಪ್ರಮುಖ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ಹಿಸ್ಟೋಗ್ರಾಮ್.ರಿಯಾಕ್ಟಮ್ ಪಾಥ್‌ವೇ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಉನ್ನತೀಕರಿಸಿದ IFNα-ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ನಾಲ್ಕು ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚು ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಿದೆ.
ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಯ ISG ಪ್ರಚೋದನೆಯನ್ನು ಉತ್ತಮವಾಗಿ ದಾಖಲಿಸಲಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಆಣ್ವಿಕ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಈ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ವ್ಯಾಪಕ ಶ್ರೇಣಿಯ ಜೈವಿಕ ಕಾರ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಹೇಗೆ ಕೊನೆಗೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಸರಿಯಾಗಿ ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲಾಗಿಲ್ಲ.ತಿಳಿದಿರುವ ISG ಗಳ ನಡುವಿನ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ವಿಶ್ವಾಸದೊಂದಿಗೆ ನಾವು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ.ಕುತೂಹಲಕಾರಿಯಾಗಿ, ನಾವು MX1, USP18, ROBO1, OAS3 ಮತ್ತು STAT1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಒಂದು ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್ ಅನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದ್ದೇವೆ ಅದು IFNα ಚಿಕಿತ್ಸೆಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ದೊಡ್ಡ ಸಂಕೀರ್ಣವನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರ 4, ಟೇಬಲ್ S2) 32,33,34.ಬಹು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ, ಈ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು IFNα ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಪಡೆದ ಎಲ್ಲಾ ತ್ರಿವಳಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿವೆ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದಿಲ್ಲ, IFNα ಚಿಕಿತ್ಸೆಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.STAT1 ಈ ISG ಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಪ್ರತಿಲೇಖನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತಿಳಿದಿದೆ, ಆದರೆ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ISG ಗಳೊಂದಿಗಿನ ಅದರ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ.STAT1 ನ ಸ್ಫಟಿಕ ರಚನೆಯು ಅದರ ಹೆಲಿಕಲ್ ಡೊಮೇನ್ (CCD) ಡೈಮರ್‌ಗಳ ರಚನೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ DNA ಅಥವಾ ಪ್ರೋಟೋಮರ್‌ಗಳೊಂದಿಗಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಭಾಗಿಯಾಗಿಲ್ಲ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ35.ಈ α-ಹೆಲಿಕ್ಸ್‌ಗಳು ಹೆಲಿಕಲ್ ಹೆಲಿಕ್ಸ್ ರಚನೆಯನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ, ಇದು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಪ್ರಧಾನವಾಗಿ ಹೈಡ್ರೋಫಿಲಿಕ್ ಮೇಲ್ಮೈ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ 35 .ನಮ್ಮ CLMS ಡೇಟಾದಲ್ಲಿ, STAT1 ನೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂವಹನಗಳು CCD, ಲಿಂಕರ್ ಡೊಮೇನ್ ಅಥವಾ C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಟೈಲ್ (ಅವಶೇಷಗಳು 700-708) (ಚಿತ್ರ 4A) ಗಿಂತ ಹಿಂದಿನ SH2 ಡೊಮೇನ್‌ನಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸಿವೆ ಎಂದು ನಾವು ಗಮನಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಹಿಂದಿನ ಅಧ್ಯಯನವು USP18 ಅನ್ನು STAT2 ನ CCD ಮತ್ತು DNA-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ (DBD) ಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಟೈಪ್ I ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ 24 ರ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆಗೆ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸಲು ಟೈಪ್ I ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ರಿಸೆಪ್ಟರ್ IFNAR2 ನ ಉಪಘಟಕಕ್ಕೆ ನೇಮಕಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ ಎಂದು ವರದಿ ಮಾಡಿದೆ.USP18 ವೇಗವರ್ಧಕ ಡೊಮೇನ್ STAT1 DBD (ಚಿತ್ರ 4A,D) ನೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಡೇಟಾ ತೋರಿಸಿದೆ, USP18 ಅನ್ನು IFNAR2 ಗೆ ಆಕರ್ಷಿಸುವಲ್ಲಿ STAT1 ಮತ್ತು STAT2 ಎರಡೂ ಪಾತ್ರವನ್ನು ವಹಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.
ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ISG ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್ ಅನ್ನು IFNα ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.(A) ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುವ 2D ಸಂವಾದದ ಕಥಾವಸ್ತು (SIM-XL ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನಲ್ಲಿ ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ), ಇಂಟರ್ಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ ರೇಖೆಗಳೊಂದಿಗೆ (ಕ್ರಾಸ್ಲಿಂಕ್ ಕಟ್ಆಫ್ ಅನ್ನು 3.5 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ).ವಿಭಿನ್ನ ಗುರುತುಗಳ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳನ್ನು ಅವುಗಳ ಬಣ್ಣ32 ಮೂಲಕ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ: MX1 ಡೊಮೇನ್, ಡೈನಾಮಿನ್_ಎನ್ (73–249), ಡೈನಾಮಿನ್_ಎಂ (259–547), ಮತ್ತು ಜಿಇಡಿ (569–660).OAS3 ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು: OAS1_C (160-344), OAS1_C (559-745), NTP_transf_2 (780-872), ಮತ್ತು OAS1_C (903-108).ಡೊಮೇನ್ ROBO1, Ig_3 (67–151), I-ಸೆಟ್ (170–258), I-ಸೆಟ್ (262–347), Ig_3 (350–432), Ig_3 (454–529), fn3 (562–646), fn3 (678–758) ಮತ್ತು fn3 (777–864).STAT1 ಕ್ಷೇತ್ರಗಳು: STAT_int (2–120), STAT_alpha (143–309), STAT_bind (321–458), SH2 (573–657), ಮತ್ತು STAT1_TAZ2bind (715–739).(B) ಕ್ರಮವಾಗಿ ನೀಲಿ ಮತ್ತು ಕೆಂಪು ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾದ ಸಂವಾದಗಳು ಮತ್ತು ಸಂವಾದಗಳೊಂದಿಗೆ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ (MX1, UBP18, OAS3, ROBO1, ಮತ್ತು STAT1) ವೃತ್ತಾಕಾರದ ವೀಕ್ಷಕ.ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಅನ್ನು 3.5 ಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಡಾಟ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಗಳು MX1 (C), USP18 (D), ROBO1 (E), ಮತ್ತು OAS3 (F) ಜೊತೆಗೆ STAT1 ಸಂವಾದ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ, ಹಾಗೆಯೇ ಎರಡು ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ K ಅಥವಾ S ಸಂವಾದ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.ಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ, ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಸ್ಕೋರ್ ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಅನ್ನು 3.0 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.(ಜಿ) STAT1 ಮತ್ತು OAS3 DI ಡೊಮೇನ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ವಿವಿಧ ಸಂವಹನ ತಾಣಗಳು PyMol (PyMOL ಆಣ್ವಿಕ ಗ್ರಾಫಿಕ್ಸ್ ಸಿಸ್ಟಮ್, ಆವೃತ್ತಿ 2.0 ಸ್ಕ್ರೋಡಿಂಗರ್, LLC.);STAT1 (pdb id: 1bf533) ಮತ್ತು OAS3 (pdb id: 4s3n34).) ಕಾರ್ಯಕ್ರಮ.
USP18 ನ ಎರಡು ಐಸೋಫಾರ್ಮ್‌ಗಳನ್ನು ಮಾನವರಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಪ್ರಧಾನವಾಗಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್‌ನಲ್ಲಿ ನೆಲೆಗೊಂಡಿರುವ ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮತ್ತು N-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಡೊಮೇನ್ ಇಲ್ಲದ ಐಸೋಫಾರ್ಮ್, USP18-sf, ಇದು ಸೈಟೋಪ್ಲಾಸಂ ಮತ್ತು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ 36 ನಲ್ಲಿ ಸಮವಾಗಿ ವಿತರಿಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ.ಇದರ ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ, N-ಟರ್ಮಿನಸ್ ರಚನೆಯಿಲ್ಲ ಎಂದು ಊಹಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಐಸೊಪೆಪ್ಟಿಡೇಸ್ ಚಟುವಟಿಕೆ ಅಥವಾ ISG1537 ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ.ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂವಾದಗಳು ಪ್ರೊಟೀನ್‌ನ N-ಟರ್ಮಿನಸ್‌ನಲ್ಲಿವೆ, ಈ ಸಂವಹನಗಳು ಪೂರ್ಣ-ಉದ್ದದ USP18 (ಚಿತ್ರ 4A,D) ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಹೀಗಾಗಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಇದಲ್ಲದೆ, ನಮ್ಮ ಡೇಟಾವು ಎನ್-ಟರ್ಮಿನಸ್ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಟು-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.IFNAR2 ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್ 312-368 ಶೇಷಗಳ ನಡುವೆ ಇದೆ, ಮತ್ತು ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ, ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿರುವ ಯಾವುದೇ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಈ ಪ್ರದೇಶಕ್ಕೆ ಬಂಧಿಸುವುದಿಲ್ಲ (Fig. 4A) 37,38 .ಒಟ್ಟಿಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಂಡ ಈ ಡೇಟಾವು IFNAR2 ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ ಅನ್ನು ಗ್ರಾಹಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಬಳಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಇದರ ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ, ಕೇವಲ OAS3 ಮತ್ತು ROBO1 ಮಾತ್ರ N-ಟರ್ಮಿನಸ್ ಮತ್ತು IFNAR2 ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್‌ನ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವುದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ (ಚಿತ್ರ 4A).
ROBO1 ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಅಣುಗಳ ಇಮ್ಯುನೊಗ್ಲಾಬ್ಯುಲಿನ್ (Ig) ಸೂಪರ್‌ಫ್ಯಾಮಿಲಿಗೆ ಸೇರಿದೆ ಮತ್ತು ಬಾಹ್ಯಕೋಶ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಐದು Ig ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಮೂರು ಫೈಬ್ರೊನೆಕ್ಟಿನ್ (Fn) ಡೊಮೇನ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ಈ ಬಾಹ್ಯಕೋಶೀಯ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳನ್ನು ಮೆಂಬರೇನ್-ಪ್ರಾಕ್ಸಿಮಲ್ ಪ್ರದೇಶ ಮತ್ತು ಏಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಮೆಂಬರೇನ್ ಹೆಲಿಕ್ಸ್ 39 ಅನುಸರಿಸುತ್ತದೆ. ಸಿ-ಟರ್ಮಿನಸ್‌ನಲ್ಲಿ ರಚನೆಯಾಗದ ಅಂತರ್ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರದೇಶವಿದೆ ಮತ್ತು ಎಫೆಕ್ಟರ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುವ ಸಂರಕ್ಷಿತ ಅನುಕ್ರಮ ಮೋಟಿಫ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳಿಂದ ~1100 ರಿಂದ 1600 ರವರೆಗೆ ವಿಸ್ತರಿಸಿರುವ ಪ್ರದೇಶವು ಹೆಚ್ಚಾಗಿ ಅಸ್ತವ್ಯಸ್ತವಾಗಿದೆ.MX1 ROBO1 ನೊಂದಿಗೆ Ig, Fn ಮತ್ತು ಅಂತರ್ಜೀವಕೋಶದ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳ ಮೂಲಕ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ, ಆದರೆ STAT1 ನೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂವಹನಗಳು ಅದರ CCD, ಲಿಂಕರ್ ಡೊಮೇನ್ ಮತ್ತು ROBO1 ನ C-ಟರ್ಮಿನಸ್ (Fig. 4A,E) ನಡುವೆ ಸಂಭವಿಸುತ್ತವೆ.ಮತ್ತೊಂದೆಡೆ, DI, DIII, ಮತ್ತು OAS3 ಲಿಂಕರ್ ಪ್ರದೇಶಗಳೊಂದಿಗಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ROBO1 ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನಾದ್ಯಂತ ವಿತರಿಸಲಾಗಿದೆ (Fig. 4A).
ಆಲಿಗೋಡೆನಿಲೇಟ್ ಸಿಂಥೇಸ್ (OAS) ಪ್ರೊಟೀನ್ ಕುಟುಂಬವು ಅಂತರ್ಜೀವಕೋಶದ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ (ಡಿಎಸ್‌ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ) ಅನ್ನು ಸ್ವೀಕರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ, ಸಂಯೋಜಕ ಬದಲಾವಣೆಗಳಿಗೆ ಒಳಗಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 2′,5′-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಆಲಿಗೋಡೆನೈಲೇಟ್‌ಗಳನ್ನು (2-5 ಎಎಸ್) 40 ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ.ಮೂರು OAS ಗಳಲ್ಲಿ, OAS3 dsRNA ಗೆ ಅತ್ಯಧಿಕ ಬಾಂಧವ್ಯವನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು RNase L ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ಆ ಮೂಲಕ ವೈರಲ್ ಪುನರಾವರ್ತನೆ 41 ಅನ್ನು ಮಿತಿಗೊಳಿಸಬಹುದು 2-5 As ನ ಕನಿಷ್ಠ ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಸಂಶ್ಲೇಷಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.OAS ಕುಟುಂಬವು ಪಾಲಿಮರೇಸ್ ಬೀಟಾ (ಪೋಲ್-β) ತರಹದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಫರೇಸ್ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಡೊಮೇನ್‌ನ (DIII) ವೇಗವರ್ಧಕ ಚಟುವಟಿಕೆಯು OAS342 ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಲು ಅಗತ್ಯವಿರುವ dsRNA-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಡೊಮೇನ್ (DI) ಮೇಲೆ ಅವಲಂಬಿತವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಹಿಂದಿನ ಸಂಶೋಧನೆಯು ತೋರಿಸಿದೆ.OAS3 ನ DI ಮತ್ತು DII ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು CCD ಮತ್ತು SH2 ಮತ್ತು STAT1 TAD (ಚಿತ್ರ 4A,F) ನಡುವಿನ ಸಣ್ಣ ಜಂಕ್ಷನ್ ಪ್ರದೇಶದೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುವುದನ್ನು ನಾವು ಗಮನಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯ ಮೇಲೆ ವಿವಿಧ ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವುದರಿಂದ β-ಶೀಟ್ ಮತ್ತು DBD STAT1 ಲೂಪ್ ಮತ್ತು OAS3 (Fig. 4G) ನ DI ಡೊಮೇನ್‌ನಲ್ಲಿ 60-75 ಶೇಷಗಳಿಂದ ರೂಪುಗೊಂಡ ತೆರೆದ ಪಾಕೆಟ್ ಅಥವಾ ಕುಹರದ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು.ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿನ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ದೃಷ್ಟಿಕೋನವು OAS3 ಯೊಂದಿಗಿನ ಯಾವುದೇ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯು ಅದರ DI ಡೊಮೇನ್‌ನ DNA-ಬಂಧಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದೊಂದಿಗೆ ಮಧ್ಯಪ್ರವೇಶಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ (Fig. S1A).ಜೊತೆಗೆ, GTPase MX1 ನ N-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಡೊಮೇನ್ OAS3 (Fig. 4A) ನ DI ಮತ್ತು DIII ಡೊಮೇನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ.ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳಲ್ಲಿ OAS1 ಮತ್ತು MX1 ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ನಾವು ಗಮನಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಅಲ್ಲಿ ಒಂದೇ OAS1 ಡೊಮೇನ್ (ಸಹ ವೇಗವರ್ಧಕವಾಗಿ ಸಕ್ರಿಯವಾಗಿದೆ) ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು MX1 ಡೊಮೇನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರ S2A,B).
MX ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳು GTP ಅನ್ನು ಬಂಧಿಸುವ ಮತ್ತು ಹೈಡ್ರೊಲೈಸ್ ಮಾಡುವ N-ಟರ್ಮಿನಲ್ GTPase ಡೊಮೇನ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಡೈನೆನ್ ತರಹದ GTPases ನ ದೊಡ್ಡ ಕುಟುಂಬದ ಭಾಗವಾಗಿದೆ, ಇದು ಸ್ವಯಂ ಜೋಡಣೆಗೆ ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸುವ ಮಧ್ಯಂತರ ಡೊಮೇನ್ ಮತ್ತು GTPase (LZ) ಆಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುವ C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಲ್ಯುಸಿನ್ ಝಿಪ್ಪರ್ )ಡೊಮೇನ್ ಎಫೆಕ್ಟರ್ ಡೊಮೇನ್ 25,43.MX1 ವೈರಲ್ ವಂಶವಾಹಿ 43 ನ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿಸಲು ವೈರಲ್ ಪಾಲಿಮರೇಸ್‌ಗಳ ಉಪಘಟಕಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ.ಹಿಂದೆ ವರದಿಯಾದ ಯೀಸ್ಟ್ ಎರಡು-ಹೈಬ್ರಿಡ್ ಪರದೆಯು PIAS1-ಸಂಬಂಧಿತ MX1 DNA-ಬಂಧಿಸುವ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ನಿರ್ಬಂಧಿಸುವ ಮೂಲಕ STAT1-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ಜೀನ್ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು SUMO E344,45 ಲಿಗೇಸ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.ಇಲ್ಲಿ, MX1 STAT1 (ಚಿತ್ರ 4C,D) ಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ನಾವು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುತ್ತೇವೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ IFNα ಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ಈ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯು STAT1-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ಜೀನ್ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆಯ ಮೇಲೆ ಹೇಗೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿನ ಅಧ್ಯಯನದ ಅಗತ್ಯವಿದೆ.ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳಲ್ಲಿ (Fig. S2C) MX1 IFIT3 ಮತ್ತು DDX60 ನೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.
DDX60 ಎಂಬುದು IFN-ಪ್ರೇರಿತ ಸೈಟೋಪ್ಲಾಸ್ಮಿಕ್ ಹೆಲಿಕೇಸ್ ಆಗಿದ್ದು, ಇದು ವೈರಲ್ RNA46 ನ RIG-I-ಸ್ವತಂತ್ರ ಅವನತಿಯಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಹಿಂದೆ ವರದಿಯಾಗಿದೆ.ಇದು RIG-I ನೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅದರ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಲಿಗಂಡ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ 46. DDX60 DEXD/H-ಬಾಕ್ಸ್ ಹೆಲಿಕೇಸ್ ಡೊಮೇನ್ ಮತ್ತು ವೈರಲ್ RNA ಮತ್ತು DNA47 ಅನ್ನು ಬಂಧಿಸುವ C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಹೆಲಿಕೇಸ್ ಡೊಮೇನ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.MX1 ಮತ್ತು IFIT3 ನೊಂದಿಗೆ ಅದರ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂವಹನಗಳು ಅಂಗೀಕೃತ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಅಥವಾ ಮೋಟಿಫ್‌ಗಳಿಲ್ಲದೆ ದೀರ್ಘ N- ಮತ್ತು C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತವೆ (Fig. S2E,F).ಆದಾಗ್ಯೂ, MX1 ಸಹ DEXD/H-ಬಾಕ್ಸ್ ಹೆಲಿಕೇಸ್ ಡೊಮೇನ್ (Fig. S2E) ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ.IFIT ಕುಟುಂಬದ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಟೆಟ್ರಾಪೆಪ್ಟೈಡ್ ರಿಪೀಟ್ (TPR) ಎಂಬ ವಿಶಿಷ್ಟ ಹೆಲಿಕ್ಸ್-ಟರ್ನ್-ಹೆಲಿಕ್ಸ್ ಮೋಟಿಫ್‌ನ ಟಂಡೆಮ್ ಪ್ರತಿಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ.IFIT3 RIG-I ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್‌ನ ಧನಾತ್ಮಕ ಮಾಡ್ಯುಲೇಟರ್ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ ಮತ್ತು ಆದ್ದರಿಂದ MAVS ಸಂಕೀರ್ಣದ ಒಂದು ಅಂಶವಾಗಿದೆ.ಒಟ್ಟಾಗಿ ತೆಗೆದುಕೊಂಡರೆ, ನಮ್ಮ ಡೇಟಾವು IFIT3 ಮತ್ತು DDX60 ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ IFIT3 ನ TPR 3-6 ನಡುವಿನ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು RIG-I/MAVS ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್‌ನಲ್ಲಿ (Fig. S2F) ಪಾತ್ರವನ್ನು ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.
ಸಂಪೂರ್ಣ ಪ್ರೋಟಿಯೋಮ್ ಅನ್ನು ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್ ಮಾಡುವುದು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಆಗಿ ತೀವ್ರವಾಗಿರುತ್ತದೆ, ನಾವು ನಂತರ IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಗಾಗಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಮಾನವ UniProt ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಈ ಪ್ರತಿಕೃತಿಯಲ್ಲಿ, ನಾವು HLA-A ಗಾಗಿ ಹಲವಾರು ಹೆಚ್ಚು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಸಂವಾದ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗಳನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.MS/MS ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಾದಿಂದ ಗುರುತಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಾರ್ಗಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು MHC-I-ಆಧಾರಿತ ಪ್ರತಿಜನಕ ಸಂಸ್ಕರಣೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಸ್ತುತಿಯು ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ (Fig. 3D) ನಿಂದ ಪ್ರೇರಿತವಾದ ಮುಖ್ಯ ಮಾರ್ಗವಾಗಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.ಆದ್ದರಿಂದ, ನಾವು ಎಲ್ಲಾ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ವಿಶ್ವಾಸದೊಂದಿಗೆ MHC-I ಅಣುಗಳ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡುವುದರ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದ್ದೇವೆ.HLA α1, α2 ಮತ್ತು α3 ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಬೆಳಕಿನ ಸರಪಳಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಮತ್ತು ಮೈಕ್ರೋಗ್ಲೋಬ್ಯುಲಿನ್ β2 (β2m) ಸ್ಥಿರವಾದ ಚಾಪೆರೋನ್ ಪ್ರೋಟೀನ್49.ಎಂಡೋಪ್ಲಾಸ್ಮಿಕ್ ರೆಟಿಕ್ಯುಲಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಮ್ಮೆ ಜೋಡಿಸಿದಾಗ, ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಲಿಗಂಡ್‌ಗಳ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ HLA ಅಸ್ಥಿರವಾಗಿರುತ್ತದೆ.ಪೆಪ್ಟೈಡ್-ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಗ್ರೂವ್ ಅನ್ನು ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅಲ್ಲದ ರೂಪದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಬಹುರೂಪಿ ಮತ್ತು ರಚನೆಯಿಲ್ಲದ α1 ಮತ್ತು α2 ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಕ್ α351 ಡೊಮೇನ್‌ನಿಂದ ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ.IFNα ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ, ನಾವು ಎರಡು HLA-A ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಿದ್ದೇವೆ: ಒಂದು HMGA1 ಮತ್ತು H2B ಯೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರ 5, ಟೇಬಲ್ S3) ಮತ್ತು ಇನ್ನೊಂದು MDN1, LRCH4 ಮತ್ತು H2B (ಚಿತ್ರ 6).
IFNα H2B (H2BFS) ಮತ್ತು HMGA1 ನೊಂದಿಗೆ HLA-A ಸಂವಹನ ಜಾಲವನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ.(A) 2D ಪ್ಲಾಟ್ (SIM-XL ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್‌ನಲ್ಲಿ ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ) H2B-HLA-A-HMGA1 ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಚಿತ್ರಿಸುತ್ತದೆ: ಇಂಟರ್‌ಲಿಂಕ್ (ನೀಲಿ), ಇಂಟರ್‌ಲಿಂಕ್ (ಕೆಂಪು) ಮತ್ತು ಸಿಂಗಲ್ ಲಿಂಕ್ (ಕಪ್ಪು)..ವಿಭಿನ್ನ ಗುರುತುಗಳ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಬಣ್ಣ ಕೋಡೆಡ್ 32: H2B (ಹಿಸ್ಟೋನ್; 2-102) ಮತ್ತು MHC-I (MHC_1; 25-203, ಗುಂಪು C1; 210-290 ಮತ್ತು MHC_I_C; 337-364).ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಅನ್ನು 3.5 ಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಡಾಟ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಗಳು H2B (B) ಮತ್ತು HMGA1 (C) ನೊಂದಿಗೆ HLA-A ಸಂವಹನ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ, ಹಾಗೆಯೇ ಎರಡು ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ K ಅಥವಾ S ಸಂವಾದ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.ಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ, ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಸ್ಕೋರ್ ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಅನ್ನು 3.0 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.(D) PyMOL ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನಲ್ಲಿ H2B, HLA-A ಮತ್ತು HMGA1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ರಚನೆಗಳಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧಗಳು.ಈ ರಚನೆಗಳನ್ನು Phyre2 ಸರ್ವರ್ (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2) ಬಳಸಿ ರೂಪಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು H2B, HLA-A ಮತ್ತು HMGA1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ರಚನೆಗಳು ಕ್ರಮವಾಗಿ 1kx552, 1kj349 ಮತ್ತು 2eze55 ಆಗಿದ್ದವು.
IFNα H2B (H2BFS), MDN1 ಮತ್ತು LRCH4 ನೊಂದಿಗೆ HLA-A ಸಂವಹನ ಜಾಲವನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ.(A) MDN1 ಅನ್ನು ವೃತ್ತದಂತೆ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ 2D ಸಂವಾದಾತ್ಮಕ ನಕ್ಷೆಯಲ್ಲಿ (SIM-XL ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್‌ನಲ್ಲಿ ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ) ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾದ ಇಂಟ್ರಾಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ (ಕೆಂಪು) ಮತ್ತು ಇಂಟರ್‌ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ (ನೀಲಿ) ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್‌ಗಳು.ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಅನ್ನು 3.5 ಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ವಿಭಿನ್ನ ಗುರುತುಗಳ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಬಣ್ಣ ಕೋಡೆಡ್ 32: H2B (ಹಿಸ್ಟೋನ್; 2–102), MHC-I (MHC_1; 25–203, ಗುಂಪು C1; 210–290 ಮತ್ತು MHC_I_C; 337–364) ಮತ್ತು LRCH4 (LRR_8 (68–126), LRR_8 (137–194) ಮತ್ತು CH (535–641)).(B) PyMOL ಪ್ರೋಗ್ರಾಂನಲ್ಲಿ H2B, HLA-A, LRCH4 ಮತ್ತು MDN1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ರಚನೆಗಳಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧಗಳು.H2B, HLA-A, LRCH4 ಮತ್ತು MDN1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳಿಗಾಗಿ 1kx552, 1kj349, 6hlu62 ಮತ್ತು 6i2665 ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ರಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ Phyre2 ಸರ್ವರ್ (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಈ ರಚನೆಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸಲಾಗಿದೆ, ಕ್ರಮವಾಗಿ.H2B (C), LRCH4 (D), ಮತ್ತು MDN1 (E) ಜೊತೆಗೆ HLA-A ಗಾಗಿ K ಅಥವಾ S ಸಂವಹನ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುವ ಡಾಟ್ ಪ್ಲಾಟ್‌ಗಳು.ಪ್ಲಾಟ್‌ಗಳಿಗಾಗಿ, ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಸ್ಕೋರ್ ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್ ಅನ್ನು 3.0 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಜೀನೋಮ್‌ನ ಸಮಗ್ರತೆಯನ್ನು ಕಾಪಾಡಿಕೊಳ್ಳುವುದರ ಜೊತೆಗೆ, ಹಿಸ್ಟೋನ್ H2B ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿ ಸಹ ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿದೆ.H2B ಪ್ರೊಟೀನ್ ಕೇಂದ್ರ ಹಿಸ್ಟೋನ್ ಡೊಮೇನ್ (HFD) ಅನ್ನು ಮೂರು α-ಹೆಲಿಸ್‌ಗಳಿಂದ ಲೂಪ್‌ಗಳಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಟೈಲ್ 41,52 ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ.H2B ಯೊಂದಿಗಿನ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯು α1 ಹೆಲಿಕ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು HFD ಹೆಟೆರೊಡೈಮರ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಟ್ರಿಮರೈಸೇಶನ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ (Fig. 5A,B).ಲೈಸಿನ್‌ಗಳು ಡಿಎನ್‌ಎ ಬೈಂಡಿಂಗ್‌ನಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿದ್ದರೂ, ಕೆಲವು ಲೈಸಿನ್‌ಗಳು ಪರ್ಯಾಯ ಅಸಿಟೈಲೇಷನ್ ಅಥವಾ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ತಾಣಗಳಾಗಿವೆ.ಉದಾಹರಣೆಗೆ, H2B ಯಿಂದ K43, K46, ಮತ್ತು K57 ಶೇಷಗಳು ನೇರ DNA ಬೈಂಡಿಂಗ್‌ನಲ್ಲಿ ಭಾಗಿಯಾಗಿಲ್ಲ, ಆದರೆ ಅವು ವಿವಿಧ ನಂತರದ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳ ಗುರಿಗಳಾಗಿವೆ.ಅಂತೆಯೇ, H2B ಯಲ್ಲಿ K44, K47 ಮತ್ತು K57 ಶೇಷಗಳು IFNα ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಪರ್ಯಾಯ ಪಾತ್ರವನ್ನು ವಹಿಸಬಹುದು, ಇತರ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು (Fig. 5A, B).ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಎಕ್ಸ್‌ಟ್ರಾಕ್ರೋಮೋಸೋಮಲ್ ಹಿಸ್ಟೋನ್ H2B ವಿವಿಧ ಕೋಶ ಪ್ರಕಾರಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ಏಜೆಂಟ್‌ಗಳು ಅಥವಾ ಹಾನಿಗೊಳಗಾದ ಕೋಶಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ DNA (dsDNA) ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಸೈಟೋಸೊಲಿಕ್ ಸಂವೇದಕವಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ.DNA ವೈರಸ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ, H2B ಸವಕಳಿಯು IFN-β ಉತ್ಪಾದನೆ ಮತ್ತು STAT154 ಫಾಸ್ಫೊರಿಲೇಷನ್ ಅನ್ನು ಪ್ರತಿಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ.H2B ಇತರ ಕೋರ್ ಹಿಸ್ಟೋನ್‌ಗಳಿಗಿಂತ ವೇಗವಾಗಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್‌ನ ಒಳಗೆ ಮತ್ತು ಹೊರಗೆ ಚಲಿಸುತ್ತದೆ.ಆಯ್ದ ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ MDN1 ಮತ್ತು LRCH4 ನೊಂದಿಗೆ H2B ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಸಹ ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ.ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಒಂದು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ HLA-A H2B ಯೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.ಈ ಡೇಟಾವು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ನಿಯಂತ್ರಣದಿಂದ ಸ್ವತಂತ್ರವಾದ ಪರ್ಯಾಯ ಶಾರೀರಿಕ ಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ H2B ಪಾತ್ರವನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುತ್ತದೆ.
HMGA1 (ಹೈ ಮೊಬಿಲಿಟಿ ಗ್ರೂಪ್ AT-ಹುಕ್ 1), ರೋಗ-ಉತ್ತೇಜಿಸುವ ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳಲ್ಲಿ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿರುವ ಸಣ್ಣ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು HLA-A ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.ಇದು ಆಮ್ಲೀಯ C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಬಾಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಮತ್ತು AT ಹುಕ್ಸ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲ್ಪಡುವ ಮೂರು ವಿಭಿನ್ನ DBD ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಅವುಗಳು dsDNA55,56 ರಲ್ಲಿ AT-ಸಮೃದ್ಧ ಪ್ರದೇಶದ ಸಣ್ಣ ತೋಡಿಗೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ.ಈ ಬಂಧಿಸುವಿಕೆಯು ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಬಗ್ಗಿಸಲು ಅಥವಾ ನೇರಗೊಳಿಸಲು ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಅಂಗೀಕೃತ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಅಂಶಗಳು ಅದರ ಒಮ್ಮತದ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ.ಸಿ-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಟೈಲ್ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶಗಳ ನೇಮಕಾತಿಯಲ್ಲಿ ತೊಡಗಿಸಿಕೊಂಡಿದೆ ಎಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಸಿ-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಡಿಲೀಷನ್ ಮ್ಯಟೆಂಟ್‌ಗಳು ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುವುದಿಲ್ಲ.ಇದಲ್ಲದೆ, ಈ ಡೊಮೇನ್ ಹಲವಾರು ಸಂರಕ್ಷಿತ ಫಾಸ್ಫೊರಿಲೇಷನ್ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ, ಅವುಗಳು ಕೈನೇಸ್ 58 ಗಾಗಿ ತಲಾಧಾರಗಳಾಗಿವೆ.C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಡೊಮೇನ್‌ನ ಹೊರಗೆ HMGA1 ನೊಂದಿಗೆ HLA-A ಮತ್ತು H2B ಸಂವಾದಗಳನ್ನು ನಾವು ಗಮನಿಸಿದ್ದೇವೆ, C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಡೊಮೇನ್ ಅನ್ನು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಪ್ರತಿಲೇಖನದ ಅಂಶ ಬೈಂಡಿಂಗ್‌ಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ (Fig. 5A, C).HMGA ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಅಡಾಪ್ಟರ್ DNA ಗೆ ಬಂಧಿಸಲು ಹಿಸ್ಟೋನ್ H1 ನೊಂದಿಗೆ ಸ್ಪರ್ಧಿಸುತ್ತವೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಪ್ರವೇಶವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ.ಅಂತೆಯೇ, HMGA ಹಿಸ್ಟೋನ್ H1 ನೊಂದಿಗೆ ಸ್ಪರ್ಧೆಯಲ್ಲಿ ಲಿಂಕರ್ DNA ಜೊತೆಗೆ ಹಿಸ್ಟೋನ್ H2B ಯೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರುತ್ತದೆ.HMGB1 ಡೆಂಡ್ರಿಟಿಕ್ ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ HLA-A, -B, ಮತ್ತು -C ನ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಅವುಗಳ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ59, ಆದರೆ HMG ಮತ್ತು HLA ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಹಿಂದೆ ವರದಿ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ.HMGA1 HLA-A ನ α1 ಮತ್ತು α3 ಡೊಮೇನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ, ಅದರ 3 DBD (ಚಿತ್ರ 5A,C) ಯ ಹೊರಗಿನ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂವಹನಗಳೊಂದಿಗೆ.ನಮ್ಮ ಕೈಯಲ್ಲಿ, HLA-A ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಸ್ಥಳೀಕರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ (ಡೇಟಾವನ್ನು ತೋರಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ), ಮತ್ತು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್‌ನಲ್ಲಿ H2B ಮತ್ತು HMGA1 ಸಹ ಇರುವುದರಿಂದ, ಈ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸಬಹುದು.H2B, HLA-A ಮತ್ತು HMGA1 ನಡುವೆ ಅಳತೆ ಮಾಡಲಾದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅಡಕ್ಟ್‌ಗಳನ್ನು ಚಿತ್ರ 5D ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಇತರ ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗಿನ HLA-A ಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಅದರ α1 ಮತ್ತು α2 ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಅಸ್ತವ್ಯಸ್ತವಾಗಿರುವ C-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಡೊಮೇನ್ (Fig. 6) ನಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತವೆ.ಈ ಉದಾಹರಣೆಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದರಲ್ಲಿ, LRCH4 (ಚಿತ್ರ 6A,D) ನ ಅಸ್ತವ್ಯಸ್ತವಾಗಿರುವ N-ಟರ್ಮಿನಲ್ ಟೈಲ್‌ನೊಂದಿಗೆ HLA-A ಸಂವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.LRCH4 TLR4 ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು LPS ಸೈಟೊಕಿನ್ ಇಂಡಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುತ್ತದೆ, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಸಹಜ ಪ್ರತಿರಕ್ಷಣಾ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಮಾರ್ಪಡಿಸುತ್ತದೆ60,61.ಇದು ಒಂಬತ್ತು ಲ್ಯುಸಿನ್-ರಿಚ್ ರಿಪೀಟ್ಸ್ (LRRs) ಮತ್ತು ಅದರ ಎಕ್ಟೋಡೊಮೈನ್‌ನಲ್ಲಿನ ಕ್ಯಾಮೊಡ್ಯುಲಿನ್ (CH) ಹೋಮೋಲಜಿ ಮೋಟಿಫ್ ಹೊಂದಿರುವ ಮೆಂಬರೇನ್ ಪ್ರೊಟೀನ್, ನಂತರ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಡೊಮೇನ್ (ಟಿಎಮ್‌ಡಿ) 60, 62 .CH ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ವಹಿಸಲು ವರದಿಯಾಗಿದೆ 60 .LRR ಮತ್ತು CH ಡೊಮೇನ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಸುಮಾರು 300 ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ವಿಸ್ತರಣೆಯು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಪ್ರವೇಶಿಸಬಹುದಾದ ಆದರೆ ಅಸ್ತವ್ಯಸ್ತವಾಗಿದೆ.ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗಳ ಮಧ್ಯವರ್ತಿಗಳಾಗಿ ಅಸ್ತವ್ಯಸ್ತವಾಗಿರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಆಧರಿಸಿ ಮತ್ತು ವೆಸಿಕ್ಯುಲರ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಪೋರ್ಟ್ 63 , ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳು ಅಸ್ತವ್ಯಸ್ತವಾಗಿರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.MDN1 ಜೊತೆಗಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು LRR1, LRR6, CH ಡೊಮೇನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಯಾದೃಚ್ಛಿಕ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ವಿತರಿಸಲಾಯಿತು, ಆದರೆ H2B ಮುಖ್ಯವಾಗಿ CH ಡೊಮೇನ್‌ಗೆ ಬದ್ಧವಾಗಿದೆ (Fig. 6A, B).ಗಮನಾರ್ಹವಾಗಿ, ಯಾವುದೇ ಸಂವಹನಗಳು TMJ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿಲ್ಲ, ಇದು CLMS ವಿಧಾನದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರ 6A, B).
MDN1 ಅನ್ನು HLA-A ಪ್ರೋಟೀನ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ನ ಭಾಗವಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 6A).ಇದು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ AAA ಕುಟುಂಬಕ್ಕೆ ಸೇರಿದೆ (ವಿವಿಧ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಎಟಿಪೇಸ್‌ಗಳು).ಇದೇ N-ಟರ್ಮಿನಲ್ AAA ಡೊಮೇನ್ ಆಗಿದ್ದು ಅದು ಹೆಕ್ಸಾಮೆರಿಕ್ ರಿಂಗ್ ಆಗಿ ಸಂಘಟಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 60S 64 ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಉಪಘಟಕದಿಂದ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಅಂಶವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುತ್ತದೆ.dynein64,65,66 ಅನ್ನು ಹೋಲುತ್ತದೆ.ಜೊತೆಗೆ, Asp/Glu ಸಮೃದ್ಧ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು MIDAS ಡೊಮೇನ್ (ಲೋಹದ ಅಯಾನು ಅವಲಂಬಿತ ಸೈಟ್) ಅನುಸರಿಸುತ್ತದೆ.MDN1 ನ ದೊಡ್ಡ ಗಾತ್ರದ (ಅಂದಾಜು 5600 ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳು) ಮತ್ತು ಚೆನ್ನಾಗಿ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಅದರ ಸೀಮಿತ ಹೋಮಾಲಜಿಯಿಂದಾಗಿ, ಮಾನವರಲ್ಲಿ ಅದರ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯದ ಬಗ್ಗೆ ಸ್ವಲ್ಪವೇ ತಿಳಿದಿದೆ.ನಾವು HLA-A, H2B, ಮತ್ತು LRCH4 ಅನ್ನು MDN1 ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಪಾಲುದಾರರೆಂದು ಗುರುತಿಸಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು PyMol (Fig. 6A,B) ನಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ದೃಷ್ಟಿಕೋನವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಈ ಮೂರು ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳು AAA ಡೊಮೇನ್, ಡೈನೆನ್ ತರಹದ ಲಿಂಕರ್ ಡೊಮೇನ್ ಮತ್ತು ಪ್ರಾಯಶಃ MIDAS MDN1 ಡೊಮೇನ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತವೆ.ಹಿಂದಿನ ವರದಿಯಲ್ಲಿ, ಬೆಟ್ ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ಅಫಿನಿಟಿ ಶುದ್ಧೀಕರಣವು MDN1 ಅನ್ನು ಹಿಸ್ಟೋನ್ H2B67 ಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಎಂದು ಗುರುತಿಸಿದೆ.ಜೊತೆಗೆ, ಇತ್ತೀಚಿನ ಅಧ್ಯಯನವು HCT116 ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ MDN ಮತ್ತು HLA-B ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಅಫಿನಿಟಿ-ಪ್ಯೂರಿಫೈಡ್ ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೆಟ್ರಿಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ವರದಿ ಮಾಡಿದೆ, ಇದು ನಮ್ಮ ಸಂಶೋಧನೆಗಳನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತದೆ68.IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಈ ಸಂಕೀರ್ಣದ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್‌ನಲ್ಲಿ MDN1 ಪಾತ್ರವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.
ಎಚ್‌ಎಲ್‌ಎ ಜೀನ್‌ಗಳು ಹೆಚ್ಚು ಬಹುರೂಪಿಯಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಫ್ಲೋ-1 ಕೋಶಗಳ ಆರ್‌ಎನ್‌ಎ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಡೇಟಾದಿಂದ ನಾವು ಎಚ್‌ಎಲ್‌ಎ-ಎ, -ಬಿ ಮತ್ತು -ಸಿ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆದಿದ್ದೇವೆ (ಡೇಟಾ ತೋರಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ).ಅನುಕ್ರಮ ಓದುವಿಕೆಯೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರವಾದ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು HLA-A (ಚಿತ್ರ S3) ನಲ್ಲಿ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳು ಇರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ HLA-A, -B ಮತ್ತು -C ನಡುವಿನ ಗಮನಾರ್ಹ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದವು.ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, H2B/HMGA1/MDN1/LRCH4 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ HLA-B/C ಅಣುಗಳ ಪ್ರೊಟೀನ್-ಟು-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕವನ್ನು ನಾವು ಗಮನಿಸಲಿಲ್ಲ.HLA-A, MDN1, LRCH1 ಮತ್ತು HMGA1 ನಡುವಿನ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯು HLA-A ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಇದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ ಮಾಡದ ಮಾದರಿಗಳ ಪ್ರೋಟಿಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಟೇಬಲ್ S4) HLA-B ಅಥವಾ HLA-C ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ HLA-A ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಕ್ರಮ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.HLA-A ಗಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳು IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ತೀವ್ರತೆಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು.
ಇಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ನಿಕಟ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಾಮೀಪ್ಯದಲ್ಲಿ ಎರಡು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ ಮಾಡುವಿಕೆಯಿಂದಾಗಿ ಅಲ್ಲ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು, ನಾವು ಸಹ-ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ ಅಸ್ಸೇಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುವ ಮೂಲಕ ಎರಡು ಹೊಸ HLA-A ಸಂವಾದಾತ್ಮಕ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ದೃಢಪಡಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಅಂತರ್ವರ್ಧಕ MDN1 ಮತ್ತು H2B ಯೊಂದಿಗಿನ HLA-A ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ Flo-1 ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ ಪತ್ತೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ 7, ಚಿತ್ರ S4).ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಟ್‌ಗಳಲ್ಲಿ HLA-A ಅನ್ನು H2B ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ದೃಢಪಡಿಸಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಕೋಶಗಳಿಂದ (ಚಿತ್ರ 7A) ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಟ್ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ HLA-A ಇಲ್ಲದಿರುವುದರಿಂದ IFNα ಚಿಕಿತ್ಸೆಯಿಂದಾಗಿ ಈ ಸಂಯೋಜನೆಯಾಗಿದೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, H2B ಮತ್ತು MDN1 ಗೆ HLA-A ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಅನ್ನು IFNα ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ನಿಯಂತ್ರಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಡೇಟಾ ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.IFNα H2B ಮತ್ತು HLA-A ನಡುವಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ, ಆದರೆ MDN1 ನೊಂದಿಗೆ ಅದರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ.MDN1 ನಿಯಂತ್ರಣಗಳಲ್ಲಿ HLA-A ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ ಮತ್ತು IFNα ಯ ಸೇರ್ಪಡೆಯು IFNα ನಿಂದ MDN1 ಇಂಡಕ್ಷನ್‌ನಿಂದ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿ ಈ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಿದೆ (ಚಿತ್ರ 7B,C).ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, HLA-A ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಶನ್ A549 ಜೀವಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ H2B ಅನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಿತು (Fig. S4), ಈ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯು ಜೀವಕೋಶದ ಪ್ರಕಾರದಿಂದ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಒಟ್ಟಾಗಿ ತೆಗೆದುಕೊಂಡರೆ, ಈ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು H2B ಮತ್ತು MDN1 ನೊಂದಿಗೆ HLA-A ಯ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಬೆಂಬಲಿಸುತ್ತವೆ.
HLA-A H2B ಮತ್ತು MDN1 ಅನ್ನು ಸಹ-ಶುದ್ಧೀಕರಿಸುತ್ತದೆ.ಪ್ರತಿನಿಧಿ ಅಂತರ್ವರ್ಧಕ H2B (A) ಮತ್ತು MDN1 (B) ಇಮ್ಯುನೊಬ್ಲಾಟ್‌ಗಳು IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ Flo-1 ಕೋಶಗಳಿಂದ ಇಮ್ಯುನೊಪ್ರೆಸಿಪಿಟೇಟ್ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟವು ಮತ್ತು ಸೂಚಿಸಲಾದ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳಿಗಾಗಿ ತನಿಖೆ ಮಾಡಲ್ಪಟ್ಟವು.ಮೌಸ್ ಮತ್ತು ಮೊಲ IgG ಅನ್ನು ನಕಾರಾತ್ಮಕ ನಿಯಂತ್ರಣವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗಿದೆ.(ಸಿ) ವಿವಿಧ ಪ್ರತಿಜನಕಗಳ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಪ್ರಮಾಣಗಳು (ಇನ್ಪುಟ್) ಸೂಚಿಸಲಾದ ಪ್ರತಿಕಾಯಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಇಮ್ಯುನೊಬ್ಲಾಟ್‌ಗಳಿಂದ ಚಿತ್ರಿಸಲಾಗಿದೆ, β-ಆಕ್ಟಿನ್ ಅನ್ನು ಲೋಡಿಂಗ್ ನಿಯಂತ್ರಣವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರೇರಿತ ಹೆಚ್ಚು ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾದ H2B-HLA-A-HMGA1 ರ ರಚನಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ಈ ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಅನುರೂಪ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ನಾವು ಪರ್ಯಾಯ ವಿಧಾನವಾಗಿ ಆಣ್ವಿಕ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ (ಚಿತ್ರ 8).CLMS ಡೇಟಾದಿಂದ ನಿರ್ಣಯಗಳು H2B, HLA-A ಮತ್ತು HMGA1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ವಿಭಿನ್ನ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳ ಸಾಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.ಆದ್ದರಿಂದ, ಕೆಳಗಿನ ಸಂಭಾವ್ಯ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ದ್ರಾವಕ ಮಾಧ್ಯಮದಲ್ಲಿ ರೂಪಿಸಲಾಗಿದೆ: H2B-HLA-A, HMGA1-HLA-A, ಮತ್ತು H2B-HLA-A-HMGA1.MOE (ಮಾಲಿಕ್ಯೂಲರ್ ಆಪರೇಟಿಂಗ್ ಎನ್ವಿರಾನ್ಮೆಂಟ್; ಕೆಮಿಕಲ್ ಕಂಪ್ಯೂಟಿಂಗ್ ಗ್ರೂಪ್ ಇಂಕ್., ಮಾಂಟ್ರಿಯಲ್, ಕ್ವಿಬೆಕ್, ಕೆನಡಾ) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಆರಂಭಿಕ ಪ್ರೊಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡಾಕಿಂಗ್ ಪರದೆಯು ಈ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ನಡುವೆ ಭಿನ್ನವಾಗಿರುವ ಸಂಭವನೀಯ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಿದೆ (ಚಿತ್ರ 8A).ಡಾಕಿಂಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣದ ದೃಶ್ಯೀಕರಣವು ಹಲವಾರು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಸಂಭವನೀಯ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು (ಚಿತ್ರ 5A, 8).ಹೀಗಾಗಿ, ಒಂದು ಸಂಭವನೀಯ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯನ್ನು ಚಿತ್ರ 8A ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ (ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಿದ ಅಡ್ಡ-ಲಿಂಕ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ) ಮತ್ತು ಅದನ್ನು MD ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಬಳಸಿ ಮತ್ತಷ್ಟು ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ಜೊತೆಗೆ, H2B ಅಥವಾ HMGA1 ಅನ್ನು HLA-A ಗೆ ಬಂಧಿಸುವುದು HLA-A ಗಾಗಿ H2B ಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ (Fig. 8A).
H2B (H2BFS)-HLA-A, HMGA1-HLA-A, ಮತ್ತು H2B-HLA-A-HMGA1 ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಭವನೀಯ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗಳ ಕನ್ಫರ್ಮೇಶನಲ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್.(A) ಎಡ ಫಲಕವು ಇಂಟ್ರಾಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ (ಕೆಂಪು) ಮತ್ತು ಇಂಟರ್‌ಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ (ನೀಲಿ) ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್‌ಗಳ 2D ನಕ್ಷೆ (SIM-XL ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್‌ನಲ್ಲಿ ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ) (ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ ಕಟ್ಆಫ್ ಅನ್ನು 3.5 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ).ಜೊತೆಗೆ, ಗುರುತಿಸಲಾದ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕ ಅವಶೇಷಗಳನ್ನು H2B, HLA-A ಮತ್ತು HMGA1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ರಚನೆಗಳ ಮೇಲೆ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.MOE ಪ್ಯಾಕೇಜ್‌ನಲ್ಲಿ ಅಳವಡಿಸಲಾದ ಡಾಕಿಂಗ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಈ ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ಸಂಬಂಧಿತ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗಿದೆ.ಕೆಳಗಿನ ಎಡ ಫಲಕವು H2B-HLA-A ಮತ್ತು HMGA1-HLA-A ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ವಿವಿಧ ಪ್ರೊಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸಂಬಂಧಗಳೊಂದಿಗೆ (GBVI/WSA dG; kcal/mol) ವಿವಿಧ ಸಂಭವನೀಯ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.(B) ಪ್ರತಿ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗೆ ಪರಮಾಣು ಸ್ಥಾನಗಳ (ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಪರಮಾಣುಗಳನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ) ಪ್ರಮಾಣಿತ ವಿಚಲನ (RMSD).(C) ≥ 10 ns ಅವಧಿಯ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಿ ವಿವಿಧ ಸಿಮ್ಯುಲೇಟೆಡ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಿಂದ ಇಂಟರ್ಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಪ್ರೊಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಬಾಂಡ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು.h-ಬಾಂಡ್ ಡೋನರ್-ಸ್ವೀಕಾರಕ ಕಟ್ಆಫ್ ಅಂತರವನ್ನು 3.5 Å ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ, ಮತ್ತು ದಾನಿ-H-ಸ್ವೀಕರಿಸುವ ಕಟ್ಆಫ್ ಕೋನವನ್ನು ≥ 160°–180°ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.(D) HLA-A ಪ್ರೊಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುವ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಿದ ಅವಶೇಷಗಳು, ≥ 20 ns ವ್ಯಾಪಿಸಿರುವ, ನಕಲಿ HLA-A-H2B ಮತ್ತು HLA-A-HMGA1 ಸಂಕೀರ್ಣಗಳಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗಿದೆ.ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳು 100 ns MDS ನ ಸರಾಸರಿ ರಚನೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ.(E) HLA-A-H2B ಮತ್ತು HLA-A-HMGA1 ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು H2B-HLA ಸಿಮ್ಯುಲೇಶನ್‌ನಿಂದ 100 ns ಮೇಲೆ ಎರಡು ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ K ಅಥವಾ S ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಸೈಟ್‌ನ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಟ್ರ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಲಾದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ.ಸಂಕೀರ್ಣಗಳು /HMGA1-HLA-A/H2B-HLA-A-HMGA1.ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್‌ಗಳ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನಕ್ಕಾಗಿ ಮಿತಿ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು 3.0 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು MDS ನಿಂದ ≥ 10 ns ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ.BIOVIA ಡಿಸ್ಕವರಿ ಸ್ಟುಡಿಯೋ (Dassault Systemes, BIOVIA Corp., San Diego, CA, USA) ಮತ್ತು ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಆಪರೇಟಿಂಗ್ ಎನ್ವಿರಾನ್ಮೆಂಟ್ (MOE; ಕೆಮಿಕಲ್ ಕಂಪ್ಯೂಟಿಂಗ್ ಗ್ರೂಪ್ ಇಂಕ್., ಮಾಂಟ್ರಿಯಲ್, ಕ್ವಿಬೆಕ್, ಕೆನಡಾ) ಪ್ಯಾಕೇಜ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಕಾಲಾನಂತರದಲ್ಲಿ HLA-A ಅಣುಗಳ ಸ್ಥಿರತೆ (ಪ್ರಮಾಣಿತ ವಿಚಲನ; RMSD ಅಥವಾ ಪ್ರಮಾಣಿತ ವಿಚಲನ; RMSF) H2B ಅಥವಾ HMGA1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು HLA-A ಅನ್ನು ಸ್ಥಿರಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರ 8B, ಚಿತ್ರ S5).HMGA1 ಪ್ರೊಟೀನ್ HLA-A ನ B2M ಸೈಟ್‌ಗೆ ಬಿಗಿಯಾಗಿ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ, HLA-A-HMGA1 ಅಥವಾ H2B-HLA-A-HMGA1 ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿ HLA-A ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ಸ್ಥಿರತೆಯನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ (ಚಿತ್ರ 8B, ಚಿತ್ರ S5).ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ, HLA ಅವಶೇಷಗಳು ~60-90 ಮತ್ತು ~180-210 H2B (FIG. 8B) ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವವು ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.H2B ಮತ್ತು HMGA1 H2B-HLA-A-HMGA1 ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ HLA-A ಗೆ H2B ಅಥವಾ HMGA1 ಗೆ ಮಾತ್ರ ಬಂಧಿಸುವುದಕ್ಕೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ HLA-A ಗೆ ಉತ್ತಮ ಬಂಧಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ತೋರಿಸಿದೆ (ಚಿತ್ರ 8C,D; ಟೇಬಲ್ S5).ಹೈಡ್ರೋಜನ್ ಬಂಧದಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಉಳಿಕೆಗಳು (MD ಮಾದರಿಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ಆಕ್ಯುಪೆನ್ಸಿ ≥ 10 ns) ಸಂಕೀರ್ಣದಲ್ಲಿ CLMS ಸಂವಹನ ಸೈಟ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ (K ಅಥವಾ S ಶೇಷಗಳು) ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುತ್ತವೆ, CLMS ನಿಂದ ಗುರುತಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಅತ್ಯಂತ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹವೆಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹತೆ (ಚಿತ್ರ 8E ).CLMS ಮತ್ತು MD ಮಾಡೆಲಿಂಗ್‌ನಲ್ಲಿ, ಸುಮಾರು 190-210 ಮತ್ತು ಸುಮಾರು 200-220 ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳ ನಡುವಿನ HLA-A ಅವಶೇಷಗಳು ಕ್ರಮವಾಗಿ H2B ಮತ್ತು HMGA1 ಅನ್ನು ಬಂಧಿಸಲು ಕಂಡುಬಂದಿವೆ (FIG. 8E).
ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಡೈನಾಮಿಕ್ ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗಳನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತವೆ, ಅದು ಕೆಲವು ಪ್ರಚೋದಕಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ಅಂತರ್ಜೀವಕೋಶದ ಸಂವಹನವನ್ನು ಮಧ್ಯಸ್ಥಿಕೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ.ಅನೇಕ ಪ್ರೋಟಿಯೊಮಿಕ್ಸ್ ವಿಧಾನಗಳು ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಒಟ್ಟಾರೆ ಸ್ಥಿರ ಸ್ಥಿತಿಯ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡುವುದರಿಂದ, ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್‌ಗೆ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಇಂಟರ್‌ಫೇಸ್‌ಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಉಪಕರಣಗಳು ಬೇಕಾಗುತ್ತವೆ ಮತ್ತು CLMS ಅಂತಹ ಒಂದು ಸಾಧನವಾಗಿದೆ.ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ಸೈಟೊಕಿನ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್ ಆಗಿದ್ದು, ಇದು ಜೀವಕೋಶಗಳು ಪರಿಸರದ ರೋಗಕಾರಕ ಮತ್ತು ಆಂತರಿಕ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಸಂಕೇತಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಇದು ಇಂಟರ್‌ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಉಪವಿಭಾಗಗಳ ಪ್ರಚೋದನೆಯಲ್ಲಿ ಕೊನೆಗೊಳ್ಳುತ್ತದೆ.ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರೇರಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಪ್ಯಾನೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ ಕಾದಂಬರಿ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಬಹುದೇ ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ನಾವು CLMS ಅನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಫ್ಲೋ-1 ಕೋಶ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಜಾಗತಿಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಡ್ಡ-ಸಂಪರ್ಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಬಳಸಲಾಯಿತು.ನಾನ್-ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಮತ್ತು ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಕೋಶಗಳಿಂದ ಟ್ರಿಪ್ಟಿಕ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಎಣಿಕೆ, ಪಾಥ್‌ವೇ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಮತ್ತು ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಉದ್ದದ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ವಿವರಿಸಿದ LFQ ತೀವ್ರತೆಯೊಂದಿಗೆ ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ.ಅಂಗೀಕೃತ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಸಕಾರಾತ್ಮಕ ಆಂತರಿಕ ನಿಯಂತ್ರಣವೆಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಕ್ಯಾನೊನಿಕಲ್ ಇಂಟರ್‌ಫೆರಾನ್-ಪ್ರಚೋದಕ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಹೊಸ ಇಂಟರ್‌ಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಮತ್ತು ಇಂಟ್ರಾಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಅಡ್ಕ್ಟ್‌ಗಳಾದ MX1, UP18, OAS3 ಮತ್ತು STAT1 ಅನ್ನು ಗಮನಿಸಲಾಗಿದೆ.ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ರಚನಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣಗಳು ಮತ್ತು ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.
HLA-A, MDN1 ಮತ್ತು H2B ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಫ್ಲೋ-1 ಮತ್ತು A549 ಕೋಶಗಳಲ್ಲಿ IFNα ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಇಮ್ಯುನೊಬ್ಲೋಟಿಂಗ್ ಮೂಲಕ ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲಾಯಿತು.IFNα-ಅವಲಂಬಿತ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ H2B ಯೊಂದಿಗೆ HLA-A ಸಂಕೀರ್ಣಗಳನ್ನು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಎತ್ತಿ ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.ಈ ಎರಡು ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ಸಹ-ಸ್ಥಳೀಕರಣದ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನ್ವೇಷಣೆಗಾಗಿ ನಮ್ಮ ಕೆಲಸವು ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕ ಮಾರ್ಗವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ.ಸೆಲ್-ಟೈಪ್-ಸ್ವತಂತ್ರ ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಮಧ್ಯಸ್ಥ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸೆಲ್ ಲೈನ್‌ಗಳ ಫಲಕಕ್ಕೆ CLMS ವಿಧಾನವನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸಲು ಇದು ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕವಾಗಿದೆ.ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ನಾವು MD ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಪರ್ಯಾಯ ವಿಧಾನವಾಗಿ H2BFS-HLA-A-HMGA1 ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ಕನ್ಫರ್ಮೇಶನಲ್ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಅನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ, ಇದು ಇಂಟ್ರಾಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಮತ್ತು ಇಂಟರ್‌ಮೋಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಕ್ರಾಸ್-ಟಾಕ್‌ಗಳನ್ನು ಟ್ರ್ಯಾಕ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ.CLMS ಡೇಟಾದಿಂದ ತೀರ್ಮಾನಗಳು H2BFS, HLA-A, ಮತ್ತು HMGA1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ವಿಭಿನ್ನ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳ ಸಾಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.ಈ ಡಾಕಿಂಗ್ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಕಾಂಪ್ಲೆಕ್ಸ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಭವನೀಯ ವಿಭಿನ್ನ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಗಳು CLMS ಡೇಟಾಸೆಟ್‌ನಲ್ಲಿ ಗಮನಿಸಿದಂತೆಯೇ ಹಲವಾರು ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದವು.ನಮ್ಮ ವಿಧಾನದ ಪ್ರಮುಖ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವೆಂದರೆ ಅದು HLA ಯಂತಹ ಬಹುರೂಪಿ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಸಂವಾದವನ್ನು ಸುಲಭವಾಗಿ ಗುರುತಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಕಷ್ಟಕರವಾದ HLA ಹ್ಯಾಪ್ಲೋಟೈಪ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡುವುದು ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕವಾಗಿದೆ.ಒಟ್ಟಿಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಂಡರೆ, ಇಂಟರ್ಫೆರಾನ್-ಪ್ರೇರಿತ ಸಿಗ್ನಲಿಂಗ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್‌ಗಳ ಬಗ್ಗೆ ನಮ್ಮ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸಲು ಮತ್ತು ಗೆಡ್ಡೆಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಕೀರ್ಣವಾದ ಇಂಟರ್ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಸಿಸ್ಟಮ್‌ಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಆಧಾರವನ್ನು ಒದಗಿಸಲು CLMS ಅನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು ಎಂದು ನಮ್ಮ ಡೇಟಾ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ಫ್ಲೋ-1 ಕೋಶಗಳನ್ನು ATCC ಯಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು DMEM (ಗಿಬ್ಕೊ) ನಲ್ಲಿ 1% ಪೆನ್ಸಿಲಿನ್ / ಸ್ಟ್ರೆಪ್ಟೊಮೈಸಿನ್ (ಇನ್ವಿಟ್ರೋಜೆನ್), 10% ಭ್ರೂಣದ ಗೋವಿನ ಸೀರಮ್ (ಗಿಬ್ಕೊ) ಜೊತೆಗೆ 37 ° C ಮತ್ತು 5% CO2 ನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ.ಕಾವು.IFNα14 (ಎಡಿನ್‌ಬರ್ಗ್ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪ್ರೊಡಕ್ಷನ್ ಫೆಸಿಲಿಟಿಯಿಂದ ತಯಾರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ) ನೊಂದಿಗೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡುವ ಮೊದಲು ಕೋಶಗಳನ್ನು 70-80% ಸಂಗಮಕ್ಕೆ ಬೆಳೆಸಲಾಯಿತು.ಗಮನಿಸದ ಹೊರತು ಎಲ್ಲಾ ಇತರ ರಾಸಾಯನಿಕಗಳು ಮತ್ತು ಕಾರಕಗಳನ್ನು ಸಿಗ್ಮಾ ಆಲ್ಡ್ರಿಚ್‌ನಿಂದ ಖರೀದಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಫ್ಲೋ-1 ಕೋಶಗಳನ್ನು 6-ಬಾವಿ ಫಲಕಗಳಲ್ಲಿ ಬೆಳೆಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಮರುದಿನ ಕೋಶಗಳನ್ನು 10 ng/ml IFNα14 ನೊಂದಿಗೆ 24 ಗಂಟೆಗಳವರೆಗೆ ಸುಮಾರು 80% ಸಂಗಮಕ್ಕೆ ಚಿಕಿತ್ಸೆ ನೀಡಲಾಯಿತು.ಕೋಶಗಳನ್ನು PBS ನೊಂದಿಗೆ ಮೂರು ಬಾರಿ ತೊಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಹೊಸದಾಗಿ ಸಿದ್ಧಪಡಿಸಿದ DSS (ಥರ್ಮೋ ಫಿಶರ್ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್) (DMSO ನಲ್ಲಿ ಕರಗಿದ) PBS ನಲ್ಲಿ 5 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 37 ° C. ಅಂತಿಮ ಸಾಂದ್ರತೆಗೆ 0.5 mM ಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ.DSS ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು PBS ನೊಂದಿಗೆ ಬದಲಾಯಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು 37 ° C ನಲ್ಲಿ 15 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ PBS ನಲ್ಲಿ 20 mM Tris (pH 8.0) ಅನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಉಳಿದ DSS ಅನ್ನು ತಣಿಸಲಾಯಿತು.ಕೋಶಗಳನ್ನು ಸ್ಕ್ರ್ಯಾಪ್ ಮಾಡುವ ಮೂಲಕ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಬಂಧಿಸುವ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳಲ್ಲಿ (ಆಕ್ಸಿಜನ್) ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಸೆಲ್ ಪೆಲೆಟ್ ಅನ್ನು 300 µl ಯೂರಿಯಾ ಲಿಸಿಸ್ ಬಫರ್ (8 M ಯೂರಿಯಾ, 0.1 M ಟ್ರಿಸ್, pH 8.5) 30 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ ಸಾಂದರ್ಭಿಕ ಅಲುಗಾಡುವಿಕೆಯೊಂದಿಗೆ ಲೈಸ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ಎಲ್ಲಾ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಹಂತಗಳನ್ನು 8 ° C ನಲ್ಲಿ 14,000 xg ನಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.10 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಲೈಸೇಟ್ ಅನ್ನು ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು ಸೂಪರ್ನಾಟಂಟ್ ಅನ್ನು ಹೊಸ ಟ್ಯೂಬ್ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಿ.ಏಕರೂಪದ ಜಲೀಯ ದ್ರಾವಣವನ್ನು ಪಡೆಯುವವರೆಗೆ 30 ನಿಮಿಷಗಳು ಅಥವಾ ಅದಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಕಾಲ ಉಳಿದ ಸ್ಪಷ್ಟ ಕಣಗಳನ್ನು ಎರಡನೇ ಲಿಸಿಸ್ ಬಫರ್‌ನ 150 μl (2 M ಯೂರಿಯಾ, 2% (w/v) SDS (ಸೋಡಿಯಂ ಡೋಡೆಸಿಲ್ ಸಲ್ಫೇಟ್)) ಕರಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಲೈಸೇಟ್ ಅನ್ನು 20 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಹಿಂದಿನ ಹಂತದಲ್ಲಿ ಪಡೆದ ಲೈಸೇಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸೂಪರ್‌ನಾಟಂಟ್ ಅನ್ನು ಬೆರೆಸಲಾಯಿತು.ಮೈಕ್ರೋಪ್ಲೇಟ್ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳಿಗಾಗಿ ತಯಾರಕರ ಸೂಚನೆಗಳ ಪ್ರಕಾರ ಮೈಕ್ರೋ BCA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಥರ್ಮೋ ಫಿಶರ್ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಾಂದ್ರತೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ದ್ರವರೂಪದ ಸಾರಜನಕದಲ್ಲಿ ಘನೀಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು -80 ° C ನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಸರಿಸುಮಾರು 100 μg ಕರಗುವ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನ್ನು ವಿಸ್ನೀವ್ಸ್ಕಿ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದಂತೆ ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ಶೋಧನೆ ಮಾದರಿ ತಯಾರಿ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ (FASP) ಬಳಸಿ ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.69 ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು 200 µl ಯೂರಿಯಾ ಬಫರ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ (0.1 M ಟ್ರಿಸ್‌ನಲ್ಲಿ 8 M ಯೂರಿಯಾ, pH 8.5), ಸುಳಿಗಾಳಿ ಮತ್ತು ಅರ್ಧದಷ್ಟು.ಎಲ್ಲಾ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಹಂತಗಳನ್ನು 25 ° C ನಲ್ಲಿ 14,000 xg ನಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪ್ರೊಟೀನ್ ಲೈಸೇಟ್‌ನ ಮೊದಲಾರ್ಧವನ್ನು ಅಲ್ಟ್ರಾಸೆಲ್-10 ಮೆಂಬರೇನ್ (ಮರ್ಕ್) ಹೊಂದಿರುವ 10 kDa ಮೈಕ್ರೊಕಾನ್ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಫಿಲ್ಟರ್ ಸಾಧನಕ್ಕೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಲಾಯಿತು, ನಂತರ 25 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಫಿಲ್ಟರ್‌ನಲ್ಲಿ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು.ನಂತರ ಪ್ರೋಟೀನ್ನ ದ್ವಿತೀಯಾರ್ಧವನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ಗೆ ಸೇರಿಸಿ ಮತ್ತು ಅದೇ ಹಂತಗಳನ್ನು ಪುನರಾವರ್ತಿಸಿ.ಯೂರಿಯಾ ಬಫರ್‌ನಲ್ಲಿ 17 mM ಟ್ರಿಸ್ (2-ಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿಥೈಲ್) ಫಾಸ್ಫೈನ್ ಹೈಡ್ರೋಕ್ಲೋರೈಡ್ (TCEP) ನ 100 μl ಅನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಚೇತರಿಕೆ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.600 rpm ನಲ್ಲಿ 37 ° C ನಲ್ಲಿ 30 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಥರ್ಮೋಮಿಕ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ಮರುಪಡೆಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಕಲಕಿ ಮಾಡಲಾಯಿತು.ಇದರ ಜೊತೆಯಲ್ಲಿ, ಕಾಲಮ್ ಅನ್ನು ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಯೂರಿಯಾ ಬಫರ್‌ನಲ್ಲಿ 100 μl 50 mM iodoacetamide ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕಡಿಮೆಯಾದ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಅಲ್ಕೈಲೇಟ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ಆಲ್ಕೈಲೇಷನ್ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ 20 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕತ್ತಲೆಯಲ್ಲಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಕಾಲಮ್ ಅನ್ನು ತಿರುಗಿಸಿ, ಕಾಲಮ್ ಗೋಡೆಗಳನ್ನು 100 µl ಯೂರಿಯಾ ಬಫರ್‌ನೊಂದಿಗೆ 3 ಬಾರಿ ತೊಳೆಯಿರಿ, ತದನಂತರ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ.ಅದೇ ಕಾರ್ಯಾಚರಣೆಯನ್ನು 100 μl 100 mM ಅಮೋನಿಯಂ ಬೈಕಾರ್ಬನೇಟ್ ಬಳಸಿ 3 ಬಾರಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಟ್ರಿಪ್ಸಿನೈಸೇಶನ್ ಮೊದಲು, ಸಂಗ್ರಹಣಾ ಟ್ಯೂಬ್ ಅನ್ನು ಹೊಸದರೊಂದಿಗೆ ಬದಲಾಯಿಸಿ.ಟ್ರಿಪ್ಸಿನ್ ಬಫರ್ (ಪ್ರೊಮೆಗಾ) ನಲ್ಲಿ ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸಿದ 50 mM ಅಮೋನಿಯಂ ಬೈಕಾರ್ಬನೇಟ್ ಮತ್ತು 1 µl ಟ್ರಿಪ್ಸಿನ್ ಹೊಂದಿರುವ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆ ಬಫರ್ ಅನ್ನು ಸೇರಿಸಿ.ಟ್ರಿಪ್ಸಿನ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೊಟೀನ್ ಅನುಪಾತವು ಸುಮಾರು 1:33 ನಲ್ಲಿ ನಿರ್ವಹಿಸಲ್ಪಡುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ರಾತ್ರಿಯಲ್ಲಿ 37 ° C. ಆರ್ದ್ರ ಕೊಠಡಿಯಲ್ಲಿ ಕಾವುಕೊಡಲಾಗುತ್ತದೆ.ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನ್ನು 25 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮೂಲಕ ಫಿಲ್ಟರ್‌ನಿಂದ ಹೊರಹಾಕಲಾಯಿತು.ಫಿಲ್ಟರ್‌ಗೆ 50 μl 0.5 M NaCl ಅನ್ನು ಸೇರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಚೇತರಿಕೆ ಸುಧಾರಿಸಲಾಗಿದೆ, ನಂತರ 25 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿಗೊಳಿಸುವಿಕೆ.
C18 ಮೈಕ್ರೋ ಸ್ಪಿನ್ ಕಾಲಮ್‌ಗಳನ್ನು (ಹಾರ್ವರ್ಡ್ ಅಪರಾಟಸ್) ಸಣ್ಣ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳೊಂದಿಗೆ ಬೌಚಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು ವಿವರಿಸಿದ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಅನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಟ್ರಿಪ್ಟಿಕ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಡಿಸಾಲ್ಟ್ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಯಿತು.ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, C18 ಸ್ಪಿನ್ ಕಾಲಮ್‌ಗಳನ್ನು 0.1% ಫಾರ್ಮಿಕ್ ಆಮ್ಲದ (FA) ಅಸಿಟೋನೈಟ್ರೈಲ್‌ನಲ್ಲಿ (AcN) (Merck) ಮತ್ತು 0.1% FA ನ ಎರಡು ತೊಳೆಯುವಿಕೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ.ಕಾಲಮ್ ಅನ್ನು 15 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 0.1% FA ನೊಂದಿಗೆ ಹೈಡ್ರೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸ್ಪಿನ್ ಕಾಲಮ್‌ಗಳಿಗೆ ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು 0.1% FA ನೊಂದಿಗೆ 3 ಬಾರಿ ತೊಳೆಯಿರಿ.0.1% FA ನಲ್ಲಿ 50%, 80% ಮತ್ತು 100% AcN ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ಟೆಪ್‌ವೈಸ್ ಗ್ರೇಡಿಯಂಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಡಿಸಾಲ್ಟೆಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಹೊರಹಾಕಲಾಗಿದೆ.ಉಳಿದ ದ್ರವವು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಕಣ್ಮರೆಯಾಗುವವರೆಗೆ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸ್ಪೀಡ್‌ವಾಕ್ ಪ್ಲಸ್ ಸಾಂದ್ರೀಕರಣದಲ್ಲಿ (ಎಪ್ಪೆಂಡಾರ್ಫ್) ಒಣಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಎಲುಟೆಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು 2.5% ಎಸಿಎನ್‌ನಲ್ಲಿ 0.08% ಟ್ರೈಫ್ಲೋರೋಅಸೆಟಿಕ್ ಆಮ್ಲದ 100 μl ನಲ್ಲಿ ಕರಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಾಂದ್ರತೆಗಳನ್ನು ನ್ಯಾನೊಡ್ರಾಪ್ 2000 (ಥರ್ಮೋ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್) ನಲ್ಲಿ ಅಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಗೆ ಸರಿಸುಮಾರು 1 μg ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ಅನ್ನು LC-MS/MS ಸಿಸ್ಟಮ್‌ಗೆ ಚುಚ್ಚಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಆರ್ಬಿಟ್ರ್ಯಾಪ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ಲೋರಿಸ್ 480 ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೀಟರ್‌ಗೆ (ಥರ್ಮೋ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್) ಸಂಪರ್ಕಗೊಂಡಿರುವ ಅಲ್ಟಿಮೇಟ್ 3000 ಆರ್‌ಎಸ್‌ಎಲ್‌ಸಿನಾನೊ ಎಲ್‌ಸಿ ಸಿಸ್ಟಮ್‌ನಲ್ಲಿ (ಥರ್ಮೋ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್) ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಗಿದೆ.C18 PepMap100 sorbent ಮತ್ತು 5 µm PepMap sorbent (ಥರ್ಮೋ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್) ನೊಂದಿಗೆ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಲಾದ 300 µm ID, 5 mm ಉದ್ದದ µ-ಪೂರ್ವ ಕಾಲಮ್ C18 ಕ್ಯಾಪ್ಚರ್ ಕಾಲಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪಂಪ್ ಫ್ಲೋ ಸೆಟ್ ಅನ್ನು 5 µl/min ನಲ್ಲಿ ಲೋಡ್ ಮಾಡಿ 0.08% ಟ್ರೈಫ್ಲೋರೋಅಸೆಟಿಕ್ ಆಮ್ಲವನ್ನು 2.5% AcN ನಲ್ಲಿ ಕರಗಿಸಿ.2 μm ಪೆಪ್‌ಮ್ಯಾಪ್ ಸೋರ್ಬೆಂಟ್ (ಥರ್ಮೋ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್) ತುಂಬಿದ 75 μm ನ ಒಳಗಿನ ವ್ಯಾಸ ಮತ್ತು 150 mm ಉದ್ದವಿರುವ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ಫ್ಯೂಸ್ಡ್ ಸಿಲಿಕಾ ಕಾಲಮ್‌ನಲ್ಲಿ ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಗಿದೆ.ಮೊಬೈಲ್ ಹಂತಗಳು A ಮತ್ತು B ಕ್ರಮವಾಗಿ ನೀರಿನಲ್ಲಿ 0.1% FA ಮತ್ತು ಅಸಿಟೋನೈಟ್ರೈಲ್‌ನಲ್ಲಿ 0.1% FA ಒಳಗೊಂಡಿವೆ.ಗ್ರೇಡಿಯಂಟ್ 2.5% B ನಿಂದ ಪ್ರಾರಂಭವಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು 90 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ 40% B ಗೆ ರೇಖೀಯವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಾಗುತ್ತದೆ, ನಂತರ ಮುಂದಿನ 2 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ 90% B ಗೆ ಹೆಚ್ಚಾಗುತ್ತದೆ.ಮೊಬೈಲ್ ಹಂತದ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು 10 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 90% B ನಲ್ಲಿ ನಿರ್ವಹಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ನಂತರ 2 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ 2.5% B ಗೆ ರೇಖಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಕಡಿಮೆಯಾಯಿತು.ಮುಂದಿನ ಚಕ್ರದ ಮೊದಲು 8 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ಕಾಲಮ್ ಅನ್ನು 2.5% B ನಲ್ಲಿ ಸಮೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.ವಿಶ್ಲೇಷಣಾತ್ಮಕ ಕಾಲಮ್‌ನಿಂದ ಹೊರಹಾಕಲ್ಪಟ್ಟ ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ನ್ಯಾನೊಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಸ್ಪ್ರೇ ಅಯಾನೀಕರಣ (NSI) ಮೂಲದಲ್ಲಿ ಅಯಾನೀಕರಿಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ಲೋರಿಸ್ 480 ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೀಟರ್‌ಗೆ (ಥರ್ಮೋ ಸೈಂಟಿಫಿಕ್) ಚುಚ್ಚಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಆರ್ಬಿಟ್ರಾಪ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ಲೋರಿಸ್ 480 ಮಾಸ್ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಮೀಟರ್ ಧನಾತ್ಮಕ ಡೇಟಾ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಕ್ರಮದಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ.m/z 350 Th ನಿಂದ m/z 2000 Th ವರೆಗಿನ ಶ್ರೇಣಿಯ ಸೆಟ್ಟಿಂಗ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ 120,000 ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್‌ನಲ್ಲಿ ವಿಭಾಗ ಮೋಡ್‌ನಲ್ಲಿ ಪೂರ್ಣ ಸ್ಕ್ಯಾನ್ ಅನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲಾಗಿದೆ.ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸಿದ AGC ಗುರಿಯನ್ನು 50ms ಗರಿಷ್ಠ ಇನ್‌ಪುಟ್ ಸಮಯದೊಂದಿಗೆ 300% ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳಿಗಾಗಿ ಮೊನೊಐಸೋಟೋಪಿಕ್ ಪೀಕ್ ಡಿಟೆಕ್ಷನ್ ಅನ್ನು ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ.ತುಂಬಾ ಕಡಿಮೆ ಪೂರ್ವಗಾಮಿಗಳು ಕಂಡುಬಂದರೆ ನಿರ್ಬಂಧದ ವಿಶ್ರಾಂತಿ ನಿಯತಾಂಕವನ್ನು ಸರಿ ಎಂದು ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪೂರ್ವಗಾಮಿಯ ಕನಿಷ್ಠ ಅಯಾನಿಕ್ ಬಲವನ್ನು 5.0e3 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು +8 ವರೆಗಿನ ಪೂರ್ವಗಾಮಿ ಚಾರ್ಜ್ ಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಸೇರಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಡೇಟಾ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಮೋಡ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಸ್ಕ್ಯಾನ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಸೈಕಲ್ ಸಮಯವನ್ನು 2.5 ಸೆಕೆಂಡುಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪೂರ್ವಗಾಮಿ ಅಯಾನಿನ ಮೊದಲ ವಿಘಟನೆಯ ನಂತರ ಡೈನಾಮಿಕ್ ಮಾಸ್ ಎಕ್ಸ್‌ಕ್ಲೂಷನ್ ಅನ್ನು 20 ಸೆಕೆಂಡುಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪೂರ್ವಗಾಮಿ ಐಸೋಲೇಶನ್ ವಿಂಡೋವನ್ನು 2 ನೇ ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಡೇಟಾ ಅವಲಂಬಿತ MS/MS ಸ್ಕ್ಯಾನ್‌ನಲ್ಲಿ ಸ್ಥಿರ ಘರ್ಷಣೆ ಶಕ್ತಿಯ ಮೋಡ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸಿದ ಘರ್ಷಣೆ ಶಕ್ತಿಯ ಪ್ರಕಾರವನ್ನು ಆಯ್ಕೆಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ಘರ್ಷಣೆಯ ಶಕ್ತಿಯನ್ನು 30% ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಆರ್ಬಿಟ್ರ್ಯಾಪ್ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು 15,000 ಮತ್ತು AGC ಗುರಿಯನ್ನು 100% ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಕಸ್ಟಮ್ ಗರಿಷ್ಠ ಇಂಜೆಕ್ಷನ್ ಸಮಯವನ್ನು 60 ಮಿಲಿಸೆಕೆಂಡ್‌ಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಅಡ್ಡ-ಸಂಯೋಜಿತ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್-ಪ್ರೋಟೀನ್ ನೆಟ್‌ವರ್ಕ್ ಅನ್ನು ಟ್ರ್ಯಾಕ್ ಮಾಡುವ ಮೊದಲು, ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಬಹುದಾದ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳು/ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಾವು ಮ್ಯಾಕ್ಸ್‌ಕ್ವಾಂಟ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ (ಆವೃತ್ತಿ 1.6.12.0) 26,27 ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕಚ್ಚಾ ಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗೊಳಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, IFNα ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಅನ್‌ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್ ಮಾಡದ ಫ್ಲೋ-1 ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಇದೇ ರೀತಿಯ ಪ್ರೋಟಿಯೊಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು.MS/MS ಡೇಟಾವನ್ನು UniProt ಮಾನವ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ನಲ್ಲಿ (www.uniprot.org) (ಆಗಸ್ಟ್ 12, 2020 ರಂದು ಅಪ್‌ಲೋಡ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ, 75,093 ನಮೂದುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ) ಅಂತರ್ನಿರ್ಮಿತ ಹುಡುಕಾಟ ಎಂಜಿನ್ Andromeda27 ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹುಡುಕಲಾಗಿದೆ.ಕಿಣ್ವದ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆ ಮತ್ತು ಡೀಮೈಡೇಶನ್ (N, Q) ಮತ್ತು ಆಕ್ಸಿಡೀಕರಣ (M) ನ ವಿವಿಧ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸದೆ ಹುಡುಕಾಟವನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಪೂರ್ವಗಾಮಿ ಸಮೂಹ ಸಹಿಷ್ಣುತೆಗಳನ್ನು 20 ppm ನಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಉತ್ಪನ್ನ ಅಯಾನುಗಳನ್ನು 0.02 Da ನಲ್ಲಿ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಆರಂಭಿಕ ಮತ್ತು ಗರಿಷ್ಠ ದ್ರವ್ಯರಾಶಿಯ ವಿಚಲನವನ್ನು 10 ppm ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ನ ಗರಿಷ್ಠ ದ್ರವ್ಯರಾಶಿಯನ್ನು 4600 Da ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು 7 ಮತ್ತು 25 ಅಮೈನೋ ಆಮ್ಲಗಳ (aa) ನಡುವೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪರ್ಸೀಯಸ್ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ (ಆವೃತ್ತಿ 1.6.10.45) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೆಚ್ಚಿನ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರಲ್ ತೀವ್ರತೆಯನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಂಶವನ್ನು ಲೆಕ್ಕಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ (LFQ ತೀವ್ರತೆ; ಲೇಬಲ್ ಮಾಡದ ಪ್ರಮಾಣ) 27 ಮತ್ತು ತೀವ್ರತೆಯ ಮೌಲ್ಯಗಳನ್ನು ಲಾಗ್ 2 ಗೆ ಪರಿವರ್ತಿಸಲಾಯಿತು.ಅವುಗಳ ಪೆಪ್ಟೈಡ್ ತೀವ್ರತೆಯಿಂದ ಗುರುತಿಸಲಾದ ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳ ಶ್ರೇಣೀಕೃತ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಅನ್ನು R (v 4.1.2) ನಲ್ಲಿ ಫೀಟ್‌ಮ್ಯಾಪ್ (v1.0.12) ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಬಳಸಿ ನಿರ್ಮಿಸಲಾಗಿದೆ.IFNα-ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳಿಗಾಗಿ ರಿಯಾಕ್ಟೋಮ್ ಪಾಥ್‌ವೇ ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪಾಥ್‌ವೇ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು, ಇದು ಸಂಸ್ಕರಿಸದ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ನಾಲ್ಕು ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚು ಸಕ್ರಿಯವಾಗಿದೆ.
LC-MS/MS ನಿಂದ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಲಾದ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂಕೀರ್ಣಗಳ ಲೈಸಿನ್ (K) ಅಥವಾ ಸೆರೈನ್ (S) ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರಾಸಾಯನಿಕ ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಕ್ರಾಸ್-ಲಿಂಕ್ಡ್ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳಿಗೆ (SIM-XL) ಸ್ಪೆಕ್ಟ್ರೋಸ್ಕೋಪಿಕ್ ಐಡೆಂಟಿಫಿಕೇಶನ್ ಮೆಷಿನ್ (SIM-XL) ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಇಂಟರ್‌ಫೆರಾನ್-ಸಂಬಂಧಿತ (IFN) DNA ಹಾನಿ ಪ್ರತಿರೋಧ ಸಹಿ (IRDS) ಜೀನ್‌ಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಭವನೀಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಪದರಿಯಾ ಮತ್ತು ಇತರರು 28 ರಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಿದ IRDS ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾಸೆಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲಾಯಿತು.ಸಂಪೂರ್ಣ ಮಾನವ ಯುನಿಪ್ರೊಟ್‌ನ ಎಲ್ಲಾ ಷರತ್ತುಗಳು ಮತ್ತು ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸುವುದು ಕಂಪ್ಯೂಟೇಶನಲ್ ಆಗಿ ತೀವ್ರವಾಗಿದೆ, ಆದ್ದರಿಂದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಮಾನವ ಯುನಿಪ್ರೊಟ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (www.uniprot.org) (12 ಆಗಸ್ಟ್ 2020 ಡೌನ್‌ಲೋಡ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ, 75,093 ನಮೂದುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ) IFNα-ಚಿಕಿತ್ಸೆಯ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳ ವಿರುದ್ಧ.ಹೆಚ್ಚಿನ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಸಂವಹನಗಳಿಗಾಗಿ ಫಿಲ್ಟರ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಒಂದಾಗಿದೆ.ಈ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಎಲ್ಲಾ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ವಿಸ್ತರಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗಿದೆ.
SIM-XL ನಲ್ಲಿ, ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕರ್ (XL) ಗಾಗಿ DSS ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು ಮತ್ತು XL ತೂಕದ ಶಿಫ್ಟ್ ಮತ್ತು ಮಾರ್ಪಾಡು ತೂಕದ ಶಿಫ್ಟ್ ಅನ್ನು ಕ್ರಮವಾಗಿ 138.06 ಮತ್ತು 156.07 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಕೆಳಗಿನ ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕಿಂಗ್ ರಿಯಾಕ್ಷನ್ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ: KK, KS ಮತ್ತು KN-TERM, ವರದಿಗಾರ ಅಯಾನುಗಳಿಲ್ಲದೆ.ಪೂರ್ವಗಾಮಿ ಮತ್ತು ತುಣುಕು ppm ಎರಡನ್ನೂ 20 ಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು Xrea ಮಿತಿಯನ್ನು 0.15 ಗೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಟ್ರಿಪ್ಸಿನ್ ಅನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವೆಂದು ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಶಕ್ತಿಯ C-ಟ್ರ್ಯಾಪ್ (HCD) ವಿಘಟನೆಯ ವಿಧಾನವನ್ನು ಅಳವಡಿಸಲಾಗಿದೆ.XCorr ಡೈನಾಮಿಕ್ DB ಕಡಿತ ಮಿತಿ ಮತ್ತು ಡೈನಾಮಿಕ್ DB ಕಡಿತಕ್ಕಾಗಿ ಪೆಪ್ಟೈಡ್‌ಗಳ ಕನಿಷ್ಠ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ಕ್ರಮವಾಗಿ 2.5 ಮತ್ತು 2 ಕ್ಕೆ ಹೊಂದಿಸಲಾಗಿದೆ.ಇತರ ನಿಯತಾಂಕಗಳೆಂದರೆ: ಮೊನೊಐಸೋಟೋಪ್ ಸಂಭವನೀಯತೆ ಮತ್ತು ಗರಿಷ್ಠ ಕಾಕತಾಳೀಯ ಕಡಿತ, ಪ್ರತಿ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್‌ಗೆ ಕನಿಷ್ಠ 4 AA ಉಳಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ಗರಿಷ್ಠ ಸ್ಟ್ರಾಂಡ್ ಚಾರ್ಜ್, ಮತ್ತು 3 ಗರಿಷ್ಠ ಮಿಸ್ಡ್ ಸ್ಪ್ಲಿಟ್‌ಗಳು.ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಹೊಲಿದ 2D ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು (SIM-XL) ನಲ್ಲಿ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು 2D ನಕ್ಷೆಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು xQuest28 ಚಿತ್ರಾತ್ಮಕ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯವನ್ನು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ.ಪ್ರೊಟೀನ್ ರಚನೆಗಳ ಮೇಲಿನ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕ್‌ಗಳನ್ನು PyMol (PyMOL ಆಣ್ವಿಕ ಗ್ರಾಫಿಕ್ಸ್ ಸಿಸ್ಟಮ್, ಆವೃತ್ತಿ 2.0 ಶ್ರೋಡಿಂಗರ್, LLC) ನಲ್ಲಿ ಒದಗಿಸಲಾಗಿದೆ.
"ಹಿಡನ್ ಮಾರ್ಕೊವ್ ಮೆಥಡ್" ನ ಹೋಮಾಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಅನುಷ್ಠಾನದ ತತ್ವಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು Phyre2 ಸರ್ವರ್ (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2)11 ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ ಮಾದರಿ ರಚನೆಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ.ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ Phyre2 ಮಾದರಿ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ.H2BFS, HLA-A, HMGA1, LRCH4, ಮತ್ತು MDN1 ಪ್ರೊಟೀನ್‌ಗಳಿಗಾಗಿ, ಟೆಂಪ್ಲೇಟ್ ರಚನೆಗಳು 1kx552, 1kj349, 2eze55, 6hlu62, ಮತ್ತು 6i2665 ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ.ಜೊತೆಗೆ, AlphaFold71 MX1, UBP18 ಮತ್ತು ROBO1 ರ ರಚನೆಯನ್ನು ಸಹ ಪರಿಗಣಿಸಲಾಗಿದೆ.BIOVIA ಡಿಸ್ಕವರಿ ಸ್ಟುಡಿಯೋ ವಿಷುಲೈಜರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ (ಡಸಾಲ್ಟ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ಸ್, BIOVIA, ಸ್ಯಾನ್ ಡಿಯಾಗೋ, CA, USA) ಮತ್ತು ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಆಪರೇಟಿಂಗ್ ಎನ್ವಿರಾನ್ಮೆಂಟ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ (MOE; ಕೆಮಿಕಲ್ ಕಂಪ್ಯೂಟಿಂಗ್ ಗ್ರೂಪ್ ಇಂಕ್., ಮಾಂಟ್ರಿಯಲ್, ಕ್ವಿಬೆಕ್, ಕೆನಡಾ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಪ್ರೋಟೀನ್ ರಚನೆಯನ್ನು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.